Pirmo pilsētu Kerkinitīdu (Κερκινίτις) senie grieķi tagadējās Eipatorijas vietā dibināja 5. gadsimtā pirms mūsu ēras. Pilsēta pastāvēja līdz mūsu ēras 2. gadsimtam, kad to iekaroja un iznīcināja skiti. Pēc 1475. gada tagadējās pilsētas vietā Osmaņu Impērija uzbūvēja Kezlevas cietoksni, pie kura izauga pilsēta. Pēc Krievu—turku kara 1774. gadā Kezleva ar pārējo Krimu nonāca Krievijas sastāvā. 1784. gadā pilsētu pārdēvēja par godu senajam Pontas valdniekam Mitridatam IV Eipatoram. Kopš 19. gadsimta beigām strauji attīstījās kā kūrorts.