Nella stagione 2000-2001 il Messina disputa il girone B del campionato di Serie C1, raccoglie 61 punti che valgono il secondo posto. Sale direttamente in Serie B il Palermo, la seconda promossa è il Messina, che vince i playoff superando l'Ascoli nelle semifinali ed il Catania nelle finali. Affidato all'allenatore Paolo Beruatto il Messina non inizia la stagione come avrebbe voluto, in agosto nella Coppa Italia di Serie C non supera per la differenza reti il girone R di qualificazione, che ha promosso Acireale e Palermo, i peloritani sono esclusi per differenza reti.
Il campionato inizia con tre pareggi, poi arrivano anche alcune vittorie, ma a fine ottobre, dopo la sconfitta interna (2-3) contro la Torres, salta la panchina giallorossa, che viene affidata a Carlo Florimbi, il girone di andata viene chiuso al terzo posto con 29 punti. Nel girone di ritorno si è assistito alla rimonta del Catania che era partito male, il Messina si è difeso bene raccogliendo 32 punti, ma uscendo sconfitto nella volata per il primo posto a vantaggio dei rosanero. Poi però si è imposto con autorità nei playoff, centrando la promozione in Serie B. Per la terza consecutiva stagione il miglior marcatore stagionale con 18 reti è ancora Vittorio Torino, delle quali 13 in campionato e 5 in Coppa Italia, in doppia cifra con 10 centri anche Denis Godeas.
Per questa stagione la maglia del Messina è bianca con bordi giallorossi, con calzoncini neri. Lo Sponsor ufficiale è Jonax, mentre lo Sponsor tecnico è Asics.