Nel marzo 1999 le società Herfølge Boldklub, partecipante alla 1. Division, e il Køge Boldklub, da poco andato in bancarotta, decisero di accordarsi per fondersi, dando vita a un nuovo club che avrebbe preso il titolo sportivo della società meglio piazzata al termine della stagione[2]. Il nuovo club venne chiamato Herfølge Boldklub Køge e fondato il 1º luglio 2009[1], acquisendo il titolo sportivo dell'Herfølge Boldklub, che aveva vinto la 1. Division ed era stato promosso in Superligaen[3]. La prima stagione in Superligaen si concluse con l'ultimo posto in classifica e la conseguente retrocessione in 1. Division[4]. Già nella stagione successiva riuscì a riconquistare il posto in massima serie, arrivando secondo in 1. Division[5], per poi concludere nuovamente all'ultimo posto la sua seconda partecipazione alla Superligaen e tornare in seconda serie[6]. Nonostante l'ultimo posto in classifica, l'HB Køge raggiunse le semifinali della Coppa di Danimarca, venendo eliminato dall'Horsens[6]. Negli anni successivi l'HB Køge ha mantenuto posizioni di media classifica in 1. Division.