Conformazioni del DNA
Le conformazioni di DNA a doppia elica fino ad ora evidenziate sono almeno una dozzina. Tre di queste sono ritenute essere presenti in natura: A-DNA, B-DNA e Z-DNA. La forma B è quella originariamente descritta da James Dewey Watson e Francis Crick ed è ritenuta essere quella predominante nelle cellule.[1] Essa è larga 23.7 Å e si estende per 34 Å ogni 10 bp. Questa doppia elica compie un giro completo attorno all'asse ogni 10.4-10.5 paia di basi. Questa frequenza di rotazione, nota come passo dell'elica dipende largamente dalle forze di stacking che ogni base esercita su quelle adiacenti.
A-, B- e Z-DNA
modificaA-DNA e Z-DNA differiscono in modo significativo nella geometria e nelle dimensioni dal B-DNA, sebbene presentino una struttura a doppia elica. La conformazione A si presenta più frequentemente in campioni di DNA anidro, come negli esperimenti di cristallografia, e negli eteroduplex (eliche ibride da appaiamento di DNA ed RNA). La conformazione Z è invece tipica delle regioni metilate del DNA, nelle quali i filamenti si avvolgono in senso opposto attorno all'asse. Anche il DNA complessato con proteine si conforma spesso in forma Z anche se la sua presenza non è stata ancora dimostrata in vivo.
| A-DNA | B-DNA | Z-DNA | |
|---|---|---|---|
| Senso dell'elica | destrorso | destrorso | sinistrorso |
| Unità ripetuta | 1 bp | 1 bp | 2 bp |
| Rotazione/bp | 32.7° | 34.3° | 60°/2bp |
| bp medie/giro | 11 | 10.5 | 12 |
| Inclinazione delle bp rispetto all'asse | +19° | -1.2° | -9° |
| Passo/bp lungo l'asse | 2.3 Å | 3.32 Å | 3.8 Å |
| Passo/giro d'elica | 24.6 Å | 33.2 Å | 45.6 Å |
| Propeller twist medio | +18° | +16° | 0° |
| Diametro | 23 Å (2.3 nm) | 20 Å (2.0 nm) | 18 Å (1.8 nm) |
Altre conformazioni
modificaOltre ad A-, B- e Z-DNA, sono possibili anche altre conformazioni. Sono state finora evidenziate C-DNA, D-DNA,[2] E-DNA,[3] H-DNA,[4] L-DNA[2] S-DNA e P-DNA.[5][6]
Note
modifica- ^ Richmond, et al, The structure of DNA in the nucleosome core, in Nature, vol. 423, 2003, pp. 145-150, PMID 12736678.
- ^ a b Hayashi G, Hagihara M, Nakatani K, Application of L-DNA as a molecular tag, in Nucleic Acids Symp Ser (Oxf), vol. 49, 2005, pp. 261–262, PMID 17150733.
- ^ Vargason JM, Eichman BF, Ho PS, The extended and eccentric E-DNA structure induced by cytosine methylation or bromination, in Nature Structural Biology, vol. 7, 2000, pp. 758–761, PMID 10966645.
- ^ Wang G, Vasquez KM, Non-B DNA structure-induced genetic instability, in Mutat Res, vol. 598, 1–2, 2006, pp. 103–119, PMID 16516932.
- ^ Allemand, et al, Stretched and overwound DNA forms a Pauling-like structure with exposed bases, in PNAS, vol. 24, 1998, pp. 14152-14157, PMID 9826669.
- ^ Lista di 55 strutture di DNA Archiviato il 26 maggio 2007 in Internet Archive.
