Il Barakaldo Club de Fútbol nacque ufficialmente nel 1917. Nel corso della sua storia ha modificato diverse volte il proprio nome: Baracaldo Football Club, Baracaldo Oriamendi, Altos Hornos Baracaldo e Baracaldo Club Football Club. La tradizione indica che il nero della maglia simboleggia il fumo delle fabbriche della città, nota realtà industriale basca, mentre l'oro la prosperità per la stessa.
La prima stagione importante è senza dubbio quella del 1938-1939 quando il Barakaldo Oriamendi riuscì a raggiungere la semifinale della Coppa del Re (allora denominata Coppa del Generalissimo), dove venne eliminato dal Ferrol. La migliore stagione della storia in campionato è quella 1953-1954, quando il Barakaldo si classificò in seconda posizione nella Seconda Divisione dietro l'Alavés, giocandosi la promozione nei play-off, che tuttavia videro un esito negativo per i baschi.
Nel periodo a cavallo tra gli anni ottanta e novanta il Barakaldo risentì della crisi metallurgica presente nella città, settore da cui arrivava gran parte dei finanziamenti, non riuscendo più a risalire dalla Seconda divisione B (terzo livello dei campionati spagnoli). Il Barakaldo può quindi essere definito uno dei club storici della seconda divisione spagnola, avendo totalizzato numerose partecipazioni a tale campionato, secondo solo al Racing Ferrol.
1932-33 - 2º nel gruppo III di Tercera División. Eliminata agli ottavi dei play-off di promozione.
1933-34 - 2º nel gruppo A Nord-Ovest di Tercera División. Non partecipa ai play-off promozione. Promosso in Segunda División per riformulazione dei campionati.
1945-46 - 3º nel Gruppo III di Tercera División. 1º nel Gruppo II della Fase Intermedia. 3º nel girone finale di promozione. Vince lo spareggio contro Jerez. Promosso in Segunda División.
2018-19 - 4º nel Gruppo II di Segunda División B. Eliminata al primo turno dei play-off.
2019-20 - 14º nel Gruppo II di Segunda División B.
2020-21 - 10º nel Gruppo IIA di Segunda División B. 7º nel Gruppo II della Fase Permanenza in Segunda División RFEF. Retrocesso in Tercera División RFEF.
2021-22 - 4º nel Gruppo IV. Eliminata al primo turno dei play-off.