Berdasarkan data [[Kementerian Dalam Negeri]] 2020, mayoritas masyarakat Kota Tomohon memeluk agama [[Kristen]] yakni 9697,2753% dimana [[Protestan]] 7374,0103% dan [[Katolik]] 23,2750% dan Tomohon menjadi pusat penyebaran agama [[Kristen Protestan]] di Minahasa. Kantor Pusat Sinode [[Gereja Masehi Injili di Minahasa]] (GMIM) yang adalah gereja terbesar yang ada di [[Sulawesi Utara]], berlokasi di kota ini. Demikian juga dengan [[Gereja Katolik Roma]] yang memiliki banyak pemeluk dengan sejarah yang panjang di Tomohon. Kantor Konferensi [[Gereja Masehi Advent Hari Ketujuh]] wilayah Tomohon dan Minahasa Selatan berpusat di Tomohon. Sebagian kecil masyarakat Tomohon beragama [[Islam]] yakni 32,6336%, banyak menetap di kelurahan Kampung Jawa, kecamatan Tomohon Selatan. Terdapat juga [[Pesantren]] yang berada di kelurahan Kinilow, Tomohon Utara. Di Tomohon juga terdapat pemeluk agama [[Buddha]] yang memiliki [[Wihara|vihara]] di kelurahan Kakaskasen III. Berikut ini jumlah penduduk per-kecamatan berdasarkan agama;<ref name="DUKCAPIL"/>