Le , 25 nouveaux cas sont annoncés par l'Agence régionale de santé, portant à 44 le nombre de personnes infectées par le virus en Bourgogne-Franche-Comté[8]. Selon l'ARS, « Au regard des premières investigations, la plupart de ces nouveaux cas confirmés auraient un lien avec le rassemblement cultuel à l’église évangélique Porte ouverte chrétienne à Bourtzwiller (Mulhouse) entre le 17 et le ».
Le , survient l'annonce que 10 résidents d'un EHPAD à Thise (Doubs) sont contaminés, probablement par une aide-soignante ayant participé au rassemblement évangélique[9].
Le , le nombre de cas diagnostiqués dans la région atteint 112[10].
Le , le premier décès lié à la Covid-19 en région Bourgogne-Franche-Comté survient dans l'Yonne à l'hôpital de Sens[12]. il s'agit d'un homme de plus de 80 ans domicilié en Seine-et-Marne, dans la région voisine d'Île-de-France.
Le , deux nouveaux décès de patients résidant dans le Doubs et dans le Jura sont enregistrés, le total régional de décès liés à la Covid-19 étant désormais de 3[13].
Le , le plan blanc est déclenché à l'Hôpital Nord Franche-Comté, situé entre Belfort et Montbéliard[14].
Le premier tour des élections municipales se déroule le dimanche avec une participation très basse dans la région (48,7%), en baisse de près de 25 points par rapport au scrutin précédent (64%)[15].
Le , le CHU de Dijon déclenche à son tour le plan blanc[16].
Le , au premier jour du confinement, un premier décès est enregistré à Dijon[17]. Avec 4 nouveaux décès dans la région depuis la veille, le cumul de personnes décédées s'élève à 10.
Le , le site de production automobile de PSA à Sochaux est fermé pour la première fois de son histoire[18].
La barre des 100 morts est dépassée le .
5 patients sont transférés par avion à l'étranger du 26 au dont 4 vers la Suisse (Lausanne, Fribourg et Neuchâtel).
41 patients sont transférés par train, avion et hélicoptère vers des hôpitaux de la région Auvergne-Rhône-Alpes entre le 27 et le : 22 transferts de patients opérés par le CHU de Besançon vers les hôpitaux de Clermont-Ferrand et Grenoble et 18 par le CHU de Dijon vers les hôpitaux de Clermont-Ferrand, Montluçon, Moulins et Vichy[19],[20].
10 patients sont transférés par avion vers la région Provence-Alpes-Côte d'Azur entre le 28 et le .
Au 1er avril, un quart des résidents de l'EHPAD de Thise sont décédés, soit 25 personnes[21].
Le , l'ARS annonce 217 décès hors hôpitaux dans les Ehpad et établissements médico-sociaux, qui viennent s'ajouter aux 303 victimes recensées dans les hôpitaux, soit un total de 520 morts dans la région .
À la suite de la révélation de 10 cas de contamination au sein de la maison de retraite Vill'alizé de Thise, le maire de cette commune a pris le un arrêté interdisant les rassemblements de plus de 50 personnes.
Le , les préfets du Doubs, du Territoire de Belfort et de la Haute-Saône interdisent tout rassemblement de plus de 50 personnes en milieu clos (au lieu de la limite de 100 personnes prise au niveau national).
Le , la présidente de la région Marie-Guite Dufay annonce la mise à disposition de 80 millions d'euros pour les entreprises affectées par la crise.
Le , le conseil régional annonce la mise en place par le Crous Bourgogne-Franche-Comté d'un fonds d'urgence de 270 000 € destiné aux étudiants précaires[22].
Nombre de personnes en réanimation ou soins intensifs pour la Covid-19 en Bourgogne-Franche-Comté
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Lecture : le , 295 personnes sont en réanimation ou en soins intensifs dans les hôpitaux d'une cause attribuée à la Covid-19.
Variation journalière du nombre de personnes en réanimation ou en soins intensifs pour la Covid-19 en Bourgogne-Franche-Comté
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Lecture : le , 29 personnes de plus que la veille sont en réanimation ou en soins intensifs attribués à la Covid-19. À ne pas confondre avec le nombre de nouvelles personnes admises qui est donné ci-dessous.
Nombre quotidien de nouvelles admissions en réanimation dans les hôpitaux en Bourgogne-Franche-Comté
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Lecture : le , 4 personnes supplémentaires sont entrées en réanimation à l'hôpital.