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La phylogénie des ptérosaures est hautement controversée et plusieurs arbres phylogénétiques hypothétiques ont été proposés à travers les années et les perceptions de ces animaux.
Unwin (2003)
La matrix comprend 19 groupes de ptérosaures (dont la plupart sont supra-soécifique) plus un groupe extérieur (Euparkeria capensis). Les taxons furent enregistrés pour 60 caractères.
La matrix comprend 39 espèces de ptérosaures validées, bien que Rhamphorhynchus longicaudus et Nyctosaurus bonneri sont respectivement considérées comme des synonymes de R. muensteri et N. gracilis, plus trois espèces hors groupes (Ornithosuchus longidens, Herrerasaurus ischigualastensis and Scleromochlus taylori). Les taxons ont été codés pour 74 caractères.
En 2010, Brian Blake Andres écrivit une révision de la phylogénie des ptérosaures. Son analyse combinait les données de trois différentes matrix : l'analyse originale de Kellner de 2003, sa mise à jour en 2004, celle de Wang et al. en 2005 et Wang et al. 2009, l'analyse originale d'Unwin en 2003 et ses mises à jour (Unwin (2002), Unwin (2004), Lu et al. (2008) et Lu et al. (2009)) et ses propres précédentes analyses (Andres et al. (2005), Andres et Ji (2008) et Andres et al. (2010)). Les caractères supplémentaires proviennent de DallaVecchia (2009), des analyses de Bennett (1993-1994) et de plusieurs documents non liés à la phylogénétique[1],[2].
La matrix comprend près de 100 espèces de ptérosaures validées et un groupe extérieur (Euparkeria capensis). Cela représente 70,4 % des 142 espèces connues de ptérosaures. Il y a 183 caractères morphologiques[3]. La typologie qui est résulte est plus complète que les précédentes analyses. De plus, elle prend en compte les espèces terminales[1]. Cette analyse a été utilisée par Richard J. Butler, Stephen L. Brusatte, Brian B. Andres et Roger B. J. Benson (2012) pour évaluer la diversité morphologique et les fossiles de ptérosaures[3].
(en) Brian Blake Andres, Systematics of the Pterosauria, Université de Yale, (lire en ligne)
(en) Richard J. Butler, Stephen L. Brusatte, Brian B. Andres et Roger B. J. Benson, « How do geological sampling biases affect studies of morphological evolution in deep time? A case study of the Pterosauria (Reptilia: Archosauria) », Evolution, vol. 66, no 1, , p. 147–162 (DOI10.1111/j.1558-5646.2011.01415.x)
