Voir la source de Neomura

{{Sources secondaires|date=janvier 2017}}
[[Image:Halobacteria.jpg|200px|thumb|L'archée ''[[Halobacteria|Halobacterium]]''<br />Chaque cellule mesure environ {{unité/2|5|μm}} de long.]]

Le concept de [[clade]] '''neomura''' a été proposé pour regrouper deux [[Groupe frère|groupes frères]] présumés : les [[Domaine (biologie)|domaines]] ''[[Eukaryota]]'' et ''[[Archaea]]''. 

Le groupe a été proposé pour la première fois par [[Thomas Cavalier-Smith]] et son nom signifie « nouveaux murs », reflétant l'hypothèse d'avoir [[évolution (biologie)|évolué]] par rapport aux [[Bactérie|eubactéries]] : un des principaux changements aurait été le remplacement de [[paroi cellulaire|parois cellulaires]] constituées de [[peptidoglycane]] en d'autres [[glycoprotéine]]s. Aujourd'hui, on considère bactéries et néomurains comme les deux premières lignées de l'arbre de la vie actuelle.
{{clade
|style=line-height:100%
|label1=[[LUCA]]
|1={{clade
   |1=''[[Bacteria]]''
   |label2='''''Neomura'''''
   |2={{clade
      |1=''[[Archaea]]''
      |2=''[[Eukaryota]]''
      }}
   }}
}}

La forme adjectivale est '''néomurain(e)''' (anglais ''neomuran'')<ref group=alpha>Le suffixe anglais ''-an'' provient du latin ''-anus'' qui a donné les suffixes français ''-ain(e)'', ''-an(e)'' et ''-en(ne)'', le premier étant de loin le plus fréquent.</ref>, et les éléments du groupe sont appelés des '''néomurains''' (anglais ''neomurans'')<ref>[https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01063767 Aubert D. La transition bimembranées/unimembranées : une révolution au royaume des bactéries ? 2013. <hal-01063767>]</ref>.

==Morphologie==
Les Neomura forment un groupe très diversifié, contenant :
* tous les eucaryotes et donc toutes les espèces multicellulaires (hors multicellularité bactérienne<ref>{{Article|langue=en|prénom1=Nicholas A|nom1=Lyons|prénom2=Roberto|nom2=Kolter|titre=On the evolution of bacterial multicellularity|périodique=Current Opinion in Microbiology|volume=24|mois=avril|année=2015|pmid=25597443|pmcid=4380822|doi=10.1016/j.mib.2014.12.007|lire en ligne=http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1369527414001982|consulté le=2017-01-10|pages=21–28}}</ref>) ;
* tous les archées, dont beaucoup  d'espèces [[extrêmophile]]s. 
Mais tous ont en commun certaines caractéristiques moléculaires. Tous les néomurains ont des [[histone]]s qui aident à l'emballage des [[chromosome]]s et la plupart ont des [[intron]]s. Tous utilisent la molécule [[méthionine]] comme l'initiateur des [[acides aminés]] dans la synthèse des protéines (les bactéries utilisent la [[formylméthionine]]). Enfin, tous les ''Neomura'' utilisent plusieurs types de [[ARN polymérase|polymérase]], alors que les bactéries n'en utilisent qu'un seul.

== Historique ==
En 1977, [[Carl Woese|Woese]] et [[George E. Fox|Fox]] proposent de reconnaître comme des [[Règne (biologie)|règne]]s primaires ou « urkingdoms » : les archéobactéries ''[[Archaebacteria]]'', les eubactéries ''[[Eubacteria]]'' et les « urcaryotes » représentés par le composant [[cytoplasmique]] des [[Cellule (biologie)|cellule]]s des actuels eucaryotes ''[[Eucaryota]]''<ref>{{en}} [[Carl Woese|Carl R. Woese]] & [[George E. Fox]], "Phylogenetic structure of the prokaryotic domain : The primary kingdoms", ''[[Proc. Natl. Acad. Sci. USA]]'', Vol.74, No.11, November 1, 1977, p.5088-5090. {{doi|10.1073/pnas.74.11.5088}}</ref>. Les noms de ces groupes [[taxinomique]]s seront raccourcis en 1990 pour devenir les trois [[Domaine (biologie)|domaine]]s de la [[vie]] : ''Archaea'', ''Bacteria'' et ''Eucarya''<ref name=cw1990>{{en}} [[Carl Woese|Carl R. Woese]], Otto Kandlert & Mark L. Wheelis, "Towards a natural system of organisms : Proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya", ''[[Proc. Natl. Acad. Sci. USA]]'', Vol.87, No.12, June 1, 1990, p. 4576-4579. {{doi|10.1073/pnas.87.12.4576}}</ref>.

En 1984, [[James A. Lake|Lake]] {{et al.}} publient leur {{lien|trad=Eocyte hypothesis|fr=Hypothèse éocyte|texte=hypothèse éocyte}} proposant un [[ancêtre commun]] aux [[procaryotes]] [[Crenarchaeota|éocytes]] et aux [[eucaryotes]]
<ref name=Lake>{{article|lang=en|prénom1=James A.|nom1= Lake|lien auteur1=James A. Lake|prénom2=Eric|nom2=Henderson|prénom3=Melanie|nom3=Oakes|prénom4=Michael W.|nom4=Clark|titre=Eocytes : A new ribosome structure indicates a kingdom with a close relationship to eukaryotes|périodique= Proc. Natl. Acad. Sci. USA|lien périodique=Proceedings of the National Academy of Sciences|volume=81|numéro=12|mois=June|année=1984|pages=3786–3790|url=http://www.pnas.org/content/81/12/3786.short|doi=10.1073/pnas.81.12.3786|pmid=6587394|pmc=345305}}</ref>. 

[[Thomas Cavalier-Smith|Cavalier-Smith]] initie sa théorie néomuraine de l'origine commune des archéobactéries et des eucaryotes en 1987<ref>{{en}} [[Thomas Cavalier-Smith]], "The origin of eukaryotic and archaebacterial cells", ''Annals New York Academy of Sciences'', Vol.503 : ''Endocytobiology'', July 1987, p.17–54. {{doi|10.1111/j.1749-6632.1987.tb40596.x}}</ref>, la révise en 2002<ref>{{en}} [[Thomas Cavalier-Smith]], "The neomuran origin of archaebacteria, the negibacterial root of the universal tree and bacterial megaclassification", ''International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology'', Vol.52, No.1, January 2002, p.7-76. {{doi|10.1099/00207713-52-1-7}}</ref>{{,}}<ref>{{en}} [[Thomas Cavalier-Smith]], "The phagotrophic origin of eukaryotes and phylogenetic classification of Protozoa", ''International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology'', Vol.52, No.2, March 2002, p.297-354. {{doi|10.1099/00207713-52-2-297}}</ref> et la reprend dans des publications ultérieures<ref name=tcs2006>{{article|langue=en|lang=en|nom=Cavalier-Smith|prénom=Thomas|lien auteur=Thomas Cavalier-Smith|titre=Rooting the tree of life by transition analyses|journal=Biology Direct|volume=1|numéro=19|pages=44|jour=11|mois=juillet|année=2006|pmid=16834776|pmc=1586193|doi=10.1186/1745-6150-1-19|url=http://biologydirect.biomedcentral.com/articles/10.1186/1745-6150-1-19}}</ref>{{,}}<ref>{{en}} [[Thomas Cavalier-Smith]], "Predation and eukaryote cell origins : A coevolutionary perspective", ''The International Journal of Biochemistry & Cell Biology'', Vol.41, No.2, February 2009, p.307-322. {{doi|10.1016/j.biocel.2008.10.002}}</ref>{{,}}<ref>{{en}} [[Thomas Cavalier-Smith]], "Origin of the cell nucleus, mitosis and sex : Roles of intracellular coevolution", ''Biology Direct'', Vol.5, No.7, February 4, 2010. {{doi|10.1186/1745-6150-5-7}}</ref>{{,}}<ref>{{en}} [[Thomas Cavalier-Smith]], "The Neomuran Revolution and Phagotrophic Origin of Eukaryotes and Cilia in the Lightof Intracellular Coevolution and a Revised Tree of Life", ''Cold Spring Harbor Perspectives in Biology'', Vol.6, No.9, September 2014, p.a016006. {{doi|10.1101/cshperspect.a016006}}</ref>, similairement au groupe des [[Crenarchaeota|Eocytes]] (archéobactéries thermophiles)
<ref>{{Article|langue=en|prénom1=John M.|nom1=Archibald|titre=The eocyte hypothesis and the origin of eukaryotic cells|périodique=Proceedings of the National Academy of Sciences|lien périodique=Proceedings of the National Academy of Sciences|volume=105|numéro=51|date=2008-12-23|issn=0027-8424|issn2=1091-6490|pmid=19091952|pmcid=2629348|doi=10.1073/pnas.0811118106|lire en ligne=http://www.pnas.org/content/105/51/20049|consulté le=2017-01-10|pages=20049–20050}}</ref>{{,}}<ref name=cc2008/>.

[[Image:Threedomain_Eocyte_Neomura_tree.png|thumb|center|upright=2|Trois modèles d'[[arbre phylogénétique]] du monde [[Vivant (classification phylogénétique)|vivant]] [[Cellule (biologie)|cellulaire]]<ref name=tcs2006/>{{,}}<ref name=cc2008>{{en}} Cymon J. Cox, Peter G. Foster, Robert P. Hirt, Simon R. Harris & T. Martin Embley, "The archaebacterial origin of eukaryotes", ''[[Proc. Natl. Acad. Sci. USA]]'', Vol.105, No.51, December 23, 2008, p.20356-20361. {{doi|10.1073/pnas.0810647105}}</ref>]]

Ce clade immense {{refnec|n'est pas considéré comme un [[taxon]] en termes de classification à cause de la grande diversité des [[plan d'organisation|plans d'organisation]] qu'il contient}} : les archéobactéries et toutes les espèces eucaryotes (plantes, animaux, champignons, protistes...). Toutefois le clade n'a pas été unanimement accepté. Des [[Biologie de l'évolution|biologistes de l'évolution]]<ref>{{en}} Ryan G. Skophammer, Jacqueline A. Servin, Craig W. Herbold & [[James A. Lake]], "Evidence for a Gram-positive, Eubacterial Root of the Tree of Life", ''Molecular Biology and Evolution'', Vol.24, No.8, August 2007, p.1761-1768. {{doi|10.1093/molbev/msm096}}</ref> considèrent le clade ''[[Firmicutes]]-[[Archaebacteria]]'' comme une alternative à l'hypothèse de Cavalier-Smith<ref name=tcs2006/>.

=== Modèles à deux ou trois domaines ===
[[Fichier:Phylogenetic Tree of Life.png|vignette|redresse=1.6|[[Arbre phylogénétique]] universel de la vie.]]

[[Carl Woese]] a introduit l'idée que l'ensemble de la vie se répartit en [[trois domaines]] fondamentaux : les [[Bactérie]]s, les [[Archée]]s et les [[Eucaryote]]s, se différenciant les uns des autres sur le plan moléculaire<ref name=cw1990/>. Il considérait que ces trois domaines s'articulaient à la base de l'[[arbre phylogénétique]] universel de la vie. L'analyse moléculaire a montré que les eucaryotes et les archées étaient plus proches entre eux que des bactéries. À titre d'exemple, on peut citer l'utilisation commune de [[cholestérol]] et [[protéasome]]s, qui sont des molécules complexes ne se trouvant pas dans la plupart des bactéries. Ainsi, il a estimé qu'il y avait deux branches principales dans l'arbre phylogénétique de la vie : une lignée pour les Bactéries et une lignée commune aux Archées et aux Eucaryotes. 

Cette idée est étayée par les études récentes<ref>{{Article|prénom1=Gregory P.|nom1=Fournier|prénom2=Anthony M.|nom2=Poole|titre=A Briefly Argued Case That Asgard Archaea Are Part of the Eukaryote Tree|périodique=Frontiers in Microbiology|volume=9|date=2018-08-15|issn=1664-302X|pmid=30158917|pmcid=PMC6104171|doi=10.3389/fmicb.2018.01896|lire en ligne=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6104171/|consulté le=2019-02-10}}</ref> qui indiquent que les [[archées d'Asgård]], un embranchement d'[[Archaea|archées]], seraient apparentés aux [[eukaryote]]s (en raison de certains mécanismes de codage des protéines). Le clade les regroupant s'appelle ''[[Eukaryomorpha]]'' et serait un sous-clade de ''Neomura''. En revanche la [[monophylie]] des Archées n'est pas confirmée (cf. image ci-contre).
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=== Le clade ''Neomura'' ===

Le zoologiste [[Thomas Cavalier-Smith|Cavalier-Smith]] considérait que l'ancêtre des Neomura était une bactérie. Un argument est que tous les eucaryotes connus ont possédé des [[mitochondries]], qui ont certainement évolué par [[endosymbiose]] à partir d'une [[protéobactéries|alpha-protéobactéries]] (un groupe très diversifié de bactéries). Si les Eucaryotes étaient aussi anciens que les bactéries, il est presque certain qu'ils se seraient ramifiés au cours des millions d'années qu'il a fallu pour que les bactéries développent la respiration [[aérobie]], et certains eucaryotes auraient évolué sans mitochondries. 

Un autre argument est que les molécules de [[cholestérol]] et de [[protéasome]] trouvées dans les Neomura sont également trouvées dans les [[actinobactéries]]. Les molécules de ce niveau de complexité sont peu susceptibles d'[[évolution convergente|apparaitre plus d'une fois]] dans plusieurs branches{{Référence nécessaire|date=6 janvier 2017}}, donc soit il y a eu un [[transfert horizontal de gènes]] entre ces deux branches, ou soit Neomura et les Actinobactéries ont un ancêtre commun. La première hypothèse, aujourd'hui privilégiée, montre le rôle joué par les [[virus]] dans l'évolution de la vie.

== Notes et références ==
=== Notes ===
{{références|groupe=alpha}}

=== Références ===
{{références}}

{{portail|microbiologie|origine et évolution du vivant}}

[[Catégorie:Nom scientifique]]<!-- classification classique --><!-- classification phylogénétique -->
[[Catégorie:Neomura]]