Vikipeedia

Mikro-RNA

(Ümber suunatud leheküljelt MikroRNA)

MikroRNA-d (lühendatult miRNA; ingl microRNA) on lühikesed, keskmiselt 20–25 nukleotiidi pikkused üksikahelalised RNA-molekulid, mida sünteesitakse eukarüootsete rakkude tuumades.[1]

MikroRNA-203 sekundaarstruktuur

MiRNA-d on posttranskriptsioonilised regulaatorid, mis seonduvad messenger RNA (mRNA) transkriptide komplementaarsetele järjestustele. Tavaliselt on selle tagajärjeks translatsiooniline repressioon või märklaud-mRNA degradatsioon ja geeni vaigistamine.[2][3] Inimese genoom võib kodeerida üle 1000 miRNA[4][5] ning nende märklauaks võib olla kuni 60% imetajate geenidest.[6][7] miRNA-sid leidub inimesel rohkelt väga erinevates koetüüpides.[8]

miRNA-d erinevad oma omadustelt taimedes ja loomades. Taimedes on miRNA-de komplementaarsus oma märklaud-mRNAle täiuslik või mõne üksiku mittesobiva paardumisega. Loomades (Metazoa) hõlmab miRNA komplementaarsus 5` otsa 2–7 aluspaari, mikroRNA alusjärjestust (ingl seed region).[6][9] Üks mikroRNA võib seostuda ühe ja sama mRNA mitme erineva saidiga või paljude erinevate mRNA-dega.

Veel üks erinevus taimedes ja loomades on märklaud-mRNA seostumissaidi asukohas. Loomades asuvad miRNA-de märklaudsaidid mRNA-de 3` mittetransleeritavates regioonides (3`UTR- untranslated region). Taimedes võivad märklaudsaidid asuda samuti mRNA-de 3`mittetransleerivates regioonides, kuid sagedamini paiknevad nad kodeerivas alas.[10] miRNA-de geenide järjestused on eukarüootsetes organismides küllalt konserveerunud. miRNA-d arvatakse olevat organismidele eluliselt oluline ja evolutsiooniliselt vana geneetilise regulatsiooni komponent.[11][12][13][14]

Esimesi miRNA-sid kirjeldati 1990. aastate algul. Siiski, miRNA-sid ei tunnistatud kui eraldi konserveerunud funktsioonidega bioloogiliste regulaatorite klassi kuni 2000. aastate algusaastateni. Alates sellest ajast on miRNA-de uurimine paljastanud mitmeid rolle negatiivses regulatsioonis (transkripti degradatsioon, translatsiooniline supressioon) ja võimalikku seotust positiivse regulatsiooniga (translatsiooniline ning transkriptsiooniline aktivatsioon). miRNA-d osalevad geeniregulatsiooni mõjutajatena tõenäoliselt peaaegu kõikides bioloogilistes protsessides.[15][16][17][18][19][20][21] Erinevates rakutüüpides ja kudedes esinevad erinevad ekspresseerunud miRNA-de komplektid.[22]

Kõrvalekaldeid miRNA-de ekspressioonis on seostatud mitmete haiguslike seisunditega ning uurimise all on miRNA-del põhinevad teraapiad.[23][24][25]

Ajalugu

muuda

Victor Ambros, Rosalind Lee ja Rhonda Feinbaum avastasid 1993. aastal mikroRNA-d, kui nad uurisid geen lin-14 rolli varbussi (Caenorhabditis elegans) arengus.[26] Nad leidsid, et valk LIN-14 rohkust reguleeris lühike RNA produkt, mida kodeeris lin-4 geen. Lin-4 geeni 61-nukleotiidne prekursor matureerus 22 nukleotiidi pikkuseks RNAks, mis sisaldas osaliselt komplementaarseid järjestusi mitmetele 3`UTR järjestustele lin-14 mRNAs. See komplementaarsus oli nii vajalik kui ka piisav inhibeerimaks lin-14 mRNA translatsiooni LIN-14 valguks. lin-14 RNA oli esimene identifitseeritud mikroRNA, kuigi tollel ajal peeti selle olemasolu nematoodi (C.elegansi) omapäraks. Alles 2000. aastal kirjeldati järgmist selletaolist RNA-d: let-7, mis represseeris geenide lin-41, lin-14, lin-28, lin-42 ja daf-12 ekspressiooni C.elegansi arengustaadiumite üleminekute jooksul. Peagi leiti, et let-7 on konserveerunud paljudes liikides, viidates võimalusele, et miRNA-sid leidub seni arvatust rohkemates organismides.[27][28]

Nomenklatuur

muuda

Standardse nomenklatuuri süsteemi alusel määratakse eksperimentaalselt kinnitatud miRNA-dele nimed enne nende avastamisest teavitavate publikatsioonide avaldamist.[29][30] Eesliitele 'mir ' järgneb sidekriips ja number, kusjuures viimane näitab sageli nimetamise järjekorda. Näiteks mir-123 nimetati ning tõenäoliselt ka avastati enne kui mir-456. Eesliide ' mir-' (ilma suurtäheta) viitab pre-miRNAle, suure tähega 'miR-' aga miRNA küpsele vormile. Peaaegu identsete järjestustega miRNA-d, mis erinevad vaid nukleotiidi või paari poolest, märgitakse lisaks alaindeksitega. Näiteks, miR-123a oleks lähedases suguluses miR-123b-ga. Pre-miRNA-d, mille tulemuseks on 100% identsed küpsed miRNA-d, kuid mis asuvad genoomis erinevates kohtades, märgitakse täiendavate numberliidetega, mis on sidekriipsuga eraldatud. Näiteks pre-miRNA-d hsa-mir-194-1 ja hsa-mir-194-2 viivad identse küpse miRNA (hsa-miR-194) avaldumiseni, kuid paiknevad genoomis erinevates kohtades. Päritolu liik on tähistatud kolmetähelise eesliitega, näiteks hsa-miR-123 on inimese (Homo sapiens) ning oar-miR-123 lamba (Ovis aries) miRNA. Teised sageli kasutatavad eesliited: V-viiruslik (miRNA, mis on kodeeritud viiruse genoomi poolt), d-Drosophila miRNA (puuviljakärbes, klassikaline geneetikas kasutatav mudelorganism). Kui kaks küpset miRNAd pärinevad sama pre-miRNA vastasõlgadest (eri otstest), märgitakse need −3p või −5p järelliidetega (varem on kasutatud erinevuse väljatoomiseks 's' (sense) ja 'as' (antisense)). Kui on teada suhtelised üheahelaliste miRNA-de ekspressioonitasemed, tähistab nime taga olev tärn (*) vastava miRNA avaldumist madalamatel tasemetel kui juuksenõela struktuuri vastasõlas olev miRNA. Näiteks miR-123 ja miR-123* jagavad ühist pre-miRNA juuksenõela, aga rakus on rohkem miR-123e.

Biogenees

muuda
 
miRNAde produktsioon omaenese geenist

Enamik kirjeldatud miRNA geenidest on intergeensed või on orienteeritud antisense positsioonis naabergeenide suhtes ning seetõttu on alust arvata, et neid transkribeeritakse iseseisvate üksustena.[31][31][32][33][34] Kuni 40% miRNA geenidest võivad paikneda valke kodeerivate ja valke mittekodeerivate geenide intronites või isegi mittekodeerivate pikkade transkriptide eksonites.[35] Need on tavaliselt, kuid mitte ainult, sense orientatsioonis[36][37] ning on seetõttu harilikult reguleeritud koos oma peremeesgeenidega.[35] [38][39] Teised miRNA-de geenid, mille puhul on näidatud üht ühist promootorit, hõlmavad 42–48% kõikidest miRNA-dest, mis pärinevad polütsistroonsetest ühikutest ning sisaldavad mitmeid diskreetseid (eraldiseisvaid) linge, millest küpsed miRNA-d protsessitakse[32][40]. See ei tähenda tingimata, et ühe perekonna küpsed miRNA-d on struktuurilt ja funktsioonilt homoloogsed. Eelpool mainitud promootori motiivide puhul on leitud mõningaid sarnasusi (valke kodeerivate) geenide promootoritega, mida transkribeerib RNA polümeraas II.[32][41] 6% inimese miRNA-de puhul esineb RNA toimetamist (RNA editing): järjestuste kohtspetsiifilisi modifikatsioone, mille eesmärk on toota teistsuguseid produkte, kui algselt kodeeritud DNA poolt. See suurendab miRNA-de tegevuse mitmekesisust ja ulatust kaugelt rohkem, kui seda võimaldab genoom üksinda.

Transkriptsioon

muuda

Harilikult transkribeerib RNA polümeraas II (Pol II) miRNA-de geene.[32][41] Polümeraas seondub sageli promootorile, mis asetseb sellise DNA järjestuse lähedal, mis kodeerib tulevast pre-miRNA (prekursor miRNA- tekib Drosha lõikamise tagajärjel, stem-loop struktuuriga) juuksenõela lingu. Transkriptile lisatakse 5’ otsa cap-struktuur, spetsiifiliselt modifitseeritud nukleotiid, ning polüadenüleeritakse mitme adenosiiniga (adeniin + β-D-riboos), selle tagajärjel moodustub polü(A) saba[32][36]. Viimaks pre-miRNA splaissitakse. Loomade miRNA-d on algselt transkribeeritud osana ~80 nukleotiidse RNA stem-loop struktuuri õlast. See struktuur moodustab omakorda osa mitmesaja nukleotiidi pikkusest primaarsest miRNAst (pri-miRNA- polümeraas II transkriptsiooni tulemus, selle lõikamisel Droshaga saadakse pre-miRNA).[32][36] Juhul kui stem-loop prekursor asub 3’ UTR järjestuses, võib transkript funktsioneerida nii pri-miRNA kui ka mRNAna.[36] RNA polümeraas III (Pol III) transkribeerib mõningaid miRNA-sid, eriti neid, millel on upstream (ülesvoolu) Alu järjestused (teatud tüüpi mobiilsed elemendid); transport RNA-sid (tRNA) ja MWIR (mammalian wide interspersed repeat) promooteri üksuseid.[42]

Tuumasisene protsessimine

muuda

Üksainuke pri-miRNA võib sisaldada 1–6 miRNA prekursorit. Iga juuksenõelastruktuur koosneb umbes 70 nukleotiidist. Juuksenõela ümbritsevad külgedelt efektiivseks protsessinguks vajalikud järjestused. Tuumavalk DGCR8 (DiGeorge Syndrome Critical Region 8 või „Pasha“ selgrootutes), mis on nime saanud DiGeorge sündroomi järgi, tunneb ära juuksenõelte kaheahelalise RNA struktuuri pri-miRNAs. DGCR8 seostub ensüüm Droshaga, mis lõikab RNA-d. Koos moodustavad nad kompleksi[43], milles DGCR8 suunab Drosha katalüütilist RNaas III domeeni juuksenõela struktuure pri-miRNAst lahti lõikama. Drosha katkestab RNA-d umbes 11 nukleotiidi kauguselt juuksenõela basaalsest osast (kaks helikaalset pööret tüvest eemal). Tekkinud produktil on kahenukleotiidne üleulatuv ots 3’ otsas; 3’ hüdroksüül- ja 5’ fosfaatgrupid. Seda nimetatakse pre-miRNAks (prekursor-miRNA).

Pre-miRNA-sid, mis splaissitakse otse intronitest ning hoiduvad Drosha ja DGCR8 omavahelisest kompleksist, tuntakse mirtronitena. Algselt leiti mirtroneid ainult äädikakärbsel ja varbussil, kuid nüüdseks on neid leitud ka imetajatel.[44]

Võimalik, et kuni 16% pri-miRNA-dest muudetakse RNA toimetamise (ingl RNA editing) kaudu.[45][46][47]

Kõige tavalisemal juhul katalüüsib kaheahelalise RNA spetsiifiline adenosiini deaminaas (ingl ADAR- double-stranded RNA-specific adenosine deaminase) adenosiini inosiiniks (A > I) muutumise transitsiooni. RNA toimetamine võib peatada tuumasisest protsessingut (näiteks pri-miR-142 protsessimise, mis viib degradatsioonini ribonukleaas Tudor-SN kaudu) ning muuta downstream (allavoolu) protsesse, kaasa arvatud tsütoplasmaatilist miRNA protsessimist ning märklaua spetsiifilisust (näiteks muutes miR-376 nn alusjärjestust (ingl seed region) kesknärvisüsteemis).[45]

Eksport tuumast

muuda

Eksportiin-5 (ingl exportin-5) transpordib pre-miRNA juuksenõelad tuumast tsütoplasmassse. See valk tunneb ära kahenukleotiidse üleulatuva osa pre-miRNA juuksenõela 3' otsas, mille tekitas RNaas III-set aktiivsust omav Drosha. Eksportiin-5 vahendatud transport tsütoplasmasse vajab lisaenergiat, kasutades Ran valgu külge seotud GTPd.[48]

Tsütoplasmaatiline protsessimine

muuda

Tsütoplasmas lõikab pre-miRNA juuksenõela RNaas III ensüüm Dicer.[49] See endoribonukleaas interakteerub juuksenõela 3' otsaga ning lõikab ära lingu, mis ühendab 3' ja 5' õlgasid; tootes umbes 22 nukleotiidi pikkuse miRNA-miRNA* dupleksi (guide-ahel ja passanger-ahel, viimane on tähistatud tärniga ning läheb lagundamisele, esimene seevastu ühineb RISC kompleksiga). Üleüldine juuksenõela pikkus ja lingu suurus mõjutavad Diceri protsessimise efektiivsust, samuti mõjutab lõikamist miRNA-miRNA* paardumise mittetäielik iseloom.[49][50] Kuigi potentsiaalselt võivad funktsionaalse miRNAna tegutseda mõlemad dupleksiahelad, kaasatakse harilikult ainult üks neist RNA-indutseeritud vaigistamise kompleksi (RISC- RNA-induced silencing complex), kus toimub miRNA ja tema märklaud-mRNA interakteerumine.

Biogenees taimedes

muuda

miRNA-de biogenees taimedes erineb biogeneesist loomades põhiliselt tuumasisese protsessimise ja ekspordi etappides. Küpsemisjärgus miRNAd ei lõika taimedes kaks erinevat ensüümi, vaid mõlemat lõikamist teostab Diceri homoloog, lühendatult DL1 (ingl Dicer-like). DL1 ekspresseerub ainult taimerakkude tuumades, mis viitab sellele, et mõlemad reaktsioonid leiavad aset tuumasiseselt. Enne kui taime miRNA-miRNA* dupleksid tuumast välja transporditakse, metüleerib Hua-Enhancer1 (HEN1) nende 3' üleulatuvad otsad. Seejärel transpordib valk Hasty (HST, Eksportiin-5 homoloog) dupleksi tuumast tsütoplasmasse. Tsütoplasmas dupleks laguneb ja küps miRNA ühendatakse RISC kompleksiga.[51]

RISC kompleks

muuda
 
Archaeoglobus fulgiduse (arhe) argonatuvalgu PIWI domeen seotuna lühikese kaheahelalise RNA fragmendi külge. Argonauti sisaldava RISC kompleksi seondumine RNA juhtahela 5' otsa on RNA interferentsi jaoks kriitilise tähtsusega. (Konserveerunud türosiini jääk on näidatud helesinisega, kahevalentne magneesiumi katioon halli kerana)

Põhiartikkel: RNA-induced silecing complex

Küps miRNA on osa aktiivsest RISC kompleksist, mis sisaldab veel Dicerit ja mitmeid assotsieerunud lisavalke.[52] RISCi tuntakse ka mikroRNA nukleoproteiin kompleksina (ingl miRNP – microRNA ribonucleoprotein complex),[53] miRNAga seostunud RRISC-ile viidatakse mõnikord ka kui 'miRISC-le.

Diceri pre-miRNA protsessing võib toimuda paaris dupleksi lahtikeerdumisega. Üldiselt on RISC kompleksiga seotud ainult üks ahel, mis on valitud tema termodünaamilise ebastabiilsuse ja nõrgema aluspaardumise tõttu võrreldes teise ahelaga.[54][55][56] Stem-loop struktuuri positsioon võib samuti mõjutada ahela valikut.[57] Teist ahelat nimetatakse passenger-ahelaks tema madalamate tasemete pärast stabiilses seisundis ning tähistatakse tärniga (*). Reeglina passenger-ahel degradeeritakse. Mõningatel juhtudel on mõlemad dupleksiahelad elujõulised ning saavad funktsionaalseteks miRNA-deks.[58]

RISC kompleksi funktsiooni täitmisel on tsentraalse tähtsusega argonaut (Ago) valgu perekonna liikmed. Argonaute on vaja miRNA-indutseeritud geenide vaigistamiseks, nad sisaldavad kahte konserveerunud RNA seondamise domeeni: PAZ domeen, millele saab seonduda küpse miRNA üheahelaline 3' ots ning PIWI domeen, mis sarnaneb struktuurilt ribonukleaas H-ga ning funktsioneerib, interakteerudes juhtahela 5' otsaga. Nad seovad küpset miRNA-d ning orienteerivad seda interaktsiooniks märklaud mRNAga. Mõned argonaudid, näiteks inimese Ago2, otseselt lõikavad märklaua transkripti. Argonaudid võivad ka värvata lisavalke saavutamaks translatsioonilist repressiooni.[59] Inimese genoom kodeerib kaheksat argonaut-valku, mis jagatakse järjestuste sarnasuste alusel kahte perekonda: AGO (selle perekonna neli esindajat leiduvad kõikides imetajate rakkudes, inimese rakkudes nimetatakse neid E1F2C/hAgo-deks) ning PIWI (leitud idutee ning hematopoeetilistest tüvirakkudest).[59][60]

Täiendavad RISC kompleksi komponendid hõlmavad TRBP-d (ingl human immunodeficiency virus (HIV) transactivating response RNA (TAR) binding protein),[61] PACT-i (ingl protein activator of the interferon induced protein kinase(PACT)), SMN kompleksi, fragiilse X vaimse puude valku (ingl FMRP-fragile X mental retardation protein) ja Tudori stafülokokset nukleaas-domeeni sisaldav valku (ingl Tudor-SN -Tudor staphylococcal nuclease-domain-containing protein).[62][63]

Vaigistamise moodus

muuda

Geeni saab vaigistada mRNA-d degradeerides või takistades translatsiooni mRNAlt. On demonstreeritud, et täieliku komplementaarsuse korral miRNA ja tema märklaud-mRNA järjestuse vahel saab Ago2 mRNA-d lõigata ning juhtida selle otsesele degradatsioonile. Kuid kui täielikku komplementaarsust ei esine, siis saavutatakse geeni vaigistamine translatsiooni ärahoidmise teel.[15]

miRNA-de stabiliseerimine

muuda

Küpsete miRNA-de ringlus on vajalik järskudeks muutusteks miRNA-de avaldumisprofiilides. miRNA küpsemise jooksul tsütoplasmas tema kasutuselevõtt argonaut-valgu poolt arvatakse olevat stabiliseeriva mõjuga guide-ahelale, samal ajal kui passenger-ahel eelistatult hävitatakse. Seda on nimetatud ka "Use it or lose it" strateegiaks (Kasuta või kaota strateegia). Argonaut võib eelistatult säilitada miRNA-sid, millel on palju märklaudu, miRNA-de suhtes, millel on mõni üksik või ei ole ühtki märklauda. See viib tavaliselt märklaudu mitteomavate molekulide lagundamiseni.[64]

C.elegans'is vahendab küpsete miRNA-de lagundamist 5´> 3´ suunaline eksoribonukleaas XRN2, tuntud ka kui Rat1p.[65] Taimedes lagundavad miRNA-sid SDN (ingl small RNA degrading nuclease) perekonna liikmed vastupidises suunas (3 '> 5'). Sarnaseid ensüüme kodeeritakse ka loomade genoomides, aga nende roll pole veel teada.[64] Mitmed miRNA modifikatsioonid mõjutavad tema stabiilsust. Nagu näidatud töös mudelorganismiga Arabidopsis thaliana (harilik müürlook), küpsed taime miRNA-d paistavad olevat stabiliseeritud lisa metüülrühmadega 3' otsas. 2'-O-konjugeeritud metüülrühmad blokeerivad uratsiili (U) jääkide lisandumise 3' otsa uridüültransferaasi ensüümi abil. Seda viimast modifikatsiooni on seostatud võimaliku miRNA degradatsiooniga. Siiski, uridülatsioon võib osasid miRNA-sid hoopis kaitsta. Selle modifikatsiooni tagajärjed pole lõplikult teada. On täheldatud mõnede loomsete miRNA-de uridülatsiooni. Nii taimseid kui loomseid miRNA-sid saab muuta adeniini (A) jääkide lisamisega miRNA 3' otsa. Lisa A lisamine imetaja miR-122le, liver-enriched miRNA, mis on oluline C-hepatiidi puhul, stabiliseerib selle molekuli. Adeniini jäägiga lõppevad taimsed miRNA-d lagunevad aeglasemalt.[64]

Rakulised funktsioonid

muuda

miRNA-de funktsioon seisneb geeniregulatsioonis. Geenide aktiivsuse mõjutamiseks on miRNA-d komplementaarsed osaga ühest või mitmest informatsiooni-RNAst (mRNA) (ingl mRNA-messenger RNA). Loomade miRNA-d on tavaliselt komplementaarsed saidiga 3' UTRs, samal ajal kui taimede miRNA-d on harilikult komplementaarsed mRNA-de kodeerivate järjestustega.[66] Perfektne või peaaegu täiuslik aluspaaride seondumine märklaud mRNAga indutseerib RNA lõikamist.[67] See on taimset päritolu miRNA-de esmane talitlusviis.[68] Loomades paarduvad miRNA-d sageli vaid osaliselt ning inhibeerivad märklaud-mRNA valgu translatsiooni[69] selline mehhanism esineb ka taimedes, kuid harvemini.[68][70] mikroRNA-d, mis on märklaua suhtes osaliselt komplementaarsed, saavad kiirendada deadenülatsiooni, põhjustades mRNA-de varajasema degradatsiooni. Selleks, et osaliselt komplementaarsed miRNA-d oma märklauad ära tunneksid, peavad nukleotiidid 2–7 mRNA seed järjestuses[6][9] olema perfektselt komplementarsed mRNA teatud järjestusega.[71] miRNA-d võivad aeg-ajalt põhjustada histoonide modifitseerimist ning DNA promootorsaitide metülatsiooni, mis mõjutab märklaudgeenide avaldumist.[72][73]

Erinevalt taimede miRNA-dest on loomades miRNA-de märklauaks väga lai valik geene.[9] Siiski on kõikidele rakkudele omaste funktsioonidega seotud geenides suhteliselt vähem miRNA-de märklaudsaite ning tundub, et sellised geenid on valiku all, vältimaks miRNA-de märkalauaks olemist.[74]

dsRNA-d (double-strand RNA) võivad aktiveerida geeniekspressiooni, see mehhanism on saanud nimetuse "väikese RNA indutseeritud geeniaktivatsioon" (ingl small RNA-induced gene activation, RNAa).[75] dsRNA-d võivad indutseerida endaga seotud geenide potentsiaalset transkriptsiooni aktivatsiooni. Seda omadust on demonstreeritud inimese rakkudes, kasutades sünteetilisi dsRNA-sid, mida kutsutakse väikesteks aktiveerivateks RNA-deks (ingl saRNAs – small activating RNA molecules), aga on näidatud ka endogeensete miRNA-de puhul.[75][76]

miRNA-de ja geenide (või pseudogeenide) komplementaarsetel paardumistel ning homoloogilistel järjestustel põhinevad interaktsioonid arvatakse olevat tugikanal, mis reguleerib paraloogsete geenide (ühise eellasega järjestused, tekivad duplikatsiooni teel) ekspressioonitasemeid. "Võistlevate endogeensete RNA-de" (ingl competing endogenous RNAs (ceRNAs) ) nime all tuntud miRNA-de ülesandeks on seonduda "mikroRNA vastuselementidele", geenidele ja pseudogeenidele, sel moel pakkudes veel ühe seletuse mittekodeeriva DNA ("rämps" DNA) püsivusele.[77]

Evolutsioon

muuda

mikroRNA-d on olulised fülogeneetilised markerid oma märkimisväärselt madala evolutsioneerumisastme tõttu.[78] Nende tekkimine võib olla üks põhjus, mis on võimaldanud arengut morfoloogiliste uuenduste vallas ning geeniekspressiooni spetsiifilsemaks muutumist ja peentuunimist (ingl fine-tuning), lubades sel viisil komplekssete organite teket[79] ning lõppkokkuvõttes ehk ka kompleksset elu.[80] Tõepoolest, järsud morfoloogiliste uuenduste plahvatused on üldjuhul seotud suurte koguste miRNA-de akumulatsiooniga.[78][79]

mikroRNA-d pärinevad predominantselt juhuslike juuksenõel-struktuuride moodustumise tõttu mittekodeerivas DNA-s (intronid või intergeensed piirkonnad), aga ka juba olemasolevate mikroRNA-de duplikatsioonide ja modifikatsioonide käigus.[81] Evolutsioneerumise aste (ingl rate of evolution) evolutsioonilises mõttes hiljuti tekkinud miRNA-des on võrreldav mujal mittekodeerivas DNAs esinevate miRNA-dega, vihjates neutraalse triivi kaudu toimunud evolutsioonile. Vanematel miRNA-del on palju madalam järjestuste muutumisaste (sageli vähem kui üks asendus saja miljoni aasta kohta),[80] viidates, et kui miRNA omandab mingi funktsiooni, satub ta äärmusliku puhastava valiku alla.[81] Sellesse punkti jõudnuna läheb miRNA üliharva looma genoomist kaotsi,[80] kuigi hiljutisest ajast (mõeldud on evolutsioonilist aega) pärinevad miRNA-d (värskelt tekkinud), mis on seega ilmselt mittefunktsionaalsed, lähevad pidevalt kaotsi.[81] See muudab nad väärtuslikeks fülogeneetilisteks markeriteks ning neid vaadatakse kui võimalikke lahendusi väljapaistvatele fülogeneetilistele probleemidele, näiteks antropoodide omavahelised suhted.[82]

mikroRNA-d esinevad enamiku eukarüootsete organismide genoomides, pruunvetikatest[83] loomadeni. Kõikides liikides kokku on 2010. aasta märtsi seisuga identifitseeritud üle 5000 miRNA.[84] Kuigi bakterites esinevad võrreldava funktsiooniga lühikesed (50 – sadu aluspaare) RNA järjestused, puuduvad neis siiski tõelised miRNA-d.[85]

miRNA-de eksperimentaalne avastamine ja manipulatisoon

muuda

miRNA-de ekspressiooni võib loendada kaheetapilises polümeraasi ahelreaktsiooni (RT-PCR; ingl real-time polymerase chain reaction) protsessis, millest esimene on modifitseeritud RT-PCR, sellele järgneb kvantitatiivne reaalaja PCR. Selle meetodi variatsioonid võimaldavad leida miRNA-de absoluutse või suhtelise hulga.[86]

miRNA-sid saab hübridiseerida mikrokiipidele (ingl microarray), mis on plaadid või kiibid kaevukestega sadade või tuhandete miRNA märklaudadega, nii et miRNA-de suhtelisi tasemeid erinevates proovides saab kindlaks määrata.[87] mikroRNA-sid saab avastada ja profileerida suure läbilaskvusega sekveneerimismeetoditega.[88] miRNA aktiivsust saab eksperimentaalselt inhibeerida lukustatud nukleiinhappe (LNA- ingl locked nucleic acid) oligo, Morpholino oligo[89][90] või 2`-O-metüül-RNA oligo järjestusega.[91] Lisaks võib spetsiifilist miRNA-d vaigistada komplementaarse antagomir järjestusega (lühike sünteetiline märklaud-miRNAle komplementaarne järjestus). miRNA küpsemist võivad mitmetes punktides inhibeerida steric-blocking oligojärjestused.[92] Nende oligojärjestustega saab blokeerida ka mRNA transkripti miRNA märklaudjärjestust.[93][94] LNA on miRNA-de “in situ” detektsiooniks praegu ainus efektiivne meetod.[95] LNA lukustatud konformatsioon põhjustab suurenenud hübridisatsiooniomadusi ning vähendab tundlikkust ja selektiivsust, tehes selle ideaalseks lühikeste miRNA-de tuvastamiseks.[96]

miRNA-d ja haigused

muuda

Just nagu miRNA-d on seotud eukarüootse raku normaalse funktsioneerimisega, on miRNA-de düsregulatsiooni seostatud haigustega. Käsitsi hallatud avalikus andmebaasis miR2Disease dokumenteeritakse teadaolevad suhted miRNA-de düsregulatsiooni ja inimese haiguste vahel.[97]

miRNA-d ja pärilikud haigused

muuda

Mutatsioon miR-96 alusjärjestuses (ingl seed region) põhjustab pärilikku progressiivset kuulmiskaotust.[98] Mutatsiooni miR-184 seemnejärjestuses tagajärjeks on pärilik keratokoonus (kreeka kerato 'sarv, sarvkest'; konos 'koonus') koos eesmise polaarse kataraktiga.[99] miR-17 ~92 klastri deletsioon põhjustab skeleti ja kasvu defekte.[100]

miRNA-d ja vähk

muuda

Mitme miRNA puhul on leitud seoseid mitmesuguste vähitüüpidega.[101][102] miRNA-21 oli üks esimesi mikroRNA-sid, mis identifitseeriti kui onkomiR. Katse hiirtega, keda oli muudetud tootma ülehulgas c-Myc-d, näitas, et miRNA-del on roll vähi arengus. c-Myc on muteerunud vormidega valk, mis on seotud mitmete kasvajatüüpidega. Hiirtel, kes olid kavandatud produtseerima liiga palju erinevaid lümfis leiduvaid miRNA-sid, arenes haigus 50 päeva jooksul ning nad surid kaks nädalat hiljem. Võrdluseks, hiired ilma miRNA-de liigsete kogustega elasid üle saja päeva.[101]

Leukeemiat võib põhjustada viiruse genoomi insertsioon miRNA-de rea 17–92 kõrvale, viies selle miRNA suurenenud ekspressioonini.[103] Ühes teises uurimuses näidati, et kaks miRNA-de tüüpi inhibeerivad E2F1 valku, mis reguleerib raku proliferatsiooni. Antud juhul järeldub, et miRNA seostub mRNA-ga enne, kui sellest jõuavad translatsiooni teel tekkida valgud, mis lülitavad geene sisse ja välja.[104]

Mõõtes 217-ne miRNA-sid kodeeriva geeni aktiivsust, leiti, et on võimalik tuvastada geenimustreid, mis on erinevat tüüpi vähkide puhul erinevad (mingi kindel muster on iseloomulik mingile vähitüübile). miRNA-de signatuurid annavad võimaluse vähi klassifikatsiooni loomiseks. See võimaldab arstidel kindlaks teha koe, kust vähk on alguse saanud, ning määrata ravi mis põhineb algsel koetüübil. miRNA-de profileerimine on juba praegu võimaldanud kindlaks teha, kas patsientidel kroonilise lümfotsütaarse leukeemiaga (KLL) on vähi aeglane või agressiivne vorm.[105]

Teatud miRNA-sid ala- või üleekspresseerivate hiirte uurimine on lubanud pilgu heita väikeste RNA-de rollile mitmesugustes pahaloomulistes kasvajates.[106]

Kliinilistel katsetustel on praegu uudne miRNA-de profileerimisel põhinev sõeluuring varases staadiumis oleva kolorektaalse vähi (käärsooles (ladina colon) või pärasooles (ladina rectum)) tuvastamiseks. Esimesed tulemused on näidanud, et varase eemaldatava (II staadiumi) kolorektaalse vähiga patsientide vereplasma proove on võimalik eristada samasooliste ja -vanuseliste tervete vabatahtlike proovidest. Piisava selektiivsuse ja spetsiifilisuse on võimalik saavutada kasutades väikeseid (alla 1 ml) vereproove. Sellel testil on potentsiaal saada tasuvaks mitteinvasiivseks mooduseks identifitseerida riskirühma kuuluvaid patsiente, kes muidu peaksid läbima kolonoskoopia protseduuri.[107][108]

Teiseks miRNA-de kasutusalaks vähi puhul on nende ekspressioonitasemete kasutamine prognostikaks, näiteks uurimuses NSCLC (mitteväikerakuline kopsukartsinoom) (ingl non-small-cell lung carcinoma) proovidest leiti, et madalad miR-324a tasemed võivad olla prognostiliseks indikaatoriks kehva elumuse jaoks;[109] teine uurimus näitas, et kas kõrged miR-185 või madalad miR-133b tasemed korreleeruvad metastaasi ja madala elumusega kolorektaalse vähi puhul.[110]

miRNA-d ja südamehaigused

muuda

Varem on miRNA-de rolli südames käsitletud kui konditsionaalset miRNA maturatsiooni pärssimist hiire puhul, ning on selgunud, et miRNA-d tõepoolest mängivad südame arengus olulist rolli.[111][112] miRNA-de ekspressiooni profileerimise uuringud demonstreerivad, et spetsiifiliste miRNA-de avaldumistasemed inimeses muutuvad südame haigestumise korral, viidates nende seotusele kardiomüopaatiale.[113][114][115] Veelgi enam, spetsiifilised uuringud loommudelite peal on tuvastanud miRNA-de selgelt eristuvad rollid südame arengu jooksul ning patoloogiliste tingimuste korral, hõlmates kardiogeneesi võtmekomponentide regulatsiooni, hüpertroofilise kasvu (hüpertroofia – elundi või koe mahu suurenemine) vastust ja südame juhtivust.[112][116][117][118][119]

miRNA-d ja närvisüsteem

muuda

miRNA-d paistavad reguleerivat ka närvisüsteemi.[120] Neuraalsed miRNA-d osalevad mitmesugustes sünaptilise arengu etappides, kaasa arvatud dendriitide geneesis (hõlmab miR-132, miR-134 ja miR-124), sünapsi moodustumises ja küpsemises (miR-134 ja miR-138 arvatakse olevat seotud).[121] Mõned uurimused on leidnud skisofreenia korral muutunud miRNA-de ekspressiooni.[122][123]

miRNA-d ja mittekodeerivad RNA-d

muuda

Kui inimese genoomi projekti raames kaardistati esimene kromosoom 1999. aastal, ennustati, et inimese genoom sisaldab üle saja tuhande valku kodeeriva geeni. Vaatamata sellele oli 2004. aastaks viimaks identifitseeritud ainult 20 000 geeni ringis (International Human Genome Sequencing Consortium poolt).[124] Alates sellest ajast on kombineeritud bioinformaatika lähenemisi genoomi mosaiiksuse uuringutega, mis vaatlevad transkriptoomi,[125] süstemaatilise täispikkuses cDNA raamatukogude cDNA järjestamise[126] ja eksperimentaalse hindamisega[127] (hõlmates miRNA-de tuletatud antisense oligonukleotiidide ehk antagomiride loomist). Selline meetod on paljastanud, et paljud transkriptid on valku mittekodeerivad RNA-d, sisaldades ka mitmesuguseid snoRNA-sid ja miRNA-sid.[128]

Vaata ka

muuda

Viited

muuda
  1. ↑ Ain Heinaru, "Geneetika" õpik kõrgkoolile, Tartu Ülikooli Kirjastus, lk 265, 2012, ISBN 978-9949-32-171-1
  2. ↑ Bartel, D. P. (2009). "MicroRNAs: target recognition and regulatory functions". Cell. 136 (2): 215–233. DOI:10.1016/j.cell.2009.01.002. ISSN 0092-8674. PMID 19167326. {{cite journal}}: |author= ja |last1= dubleerivad üksteist (juhend)
  3. ↑ Bartel DP (jaanuar 2004). "MicroRNAs: genomics, biogenesis, mechanism, and function". Cell. 116 (2): 281–97. DOI:10.1016/S0092-8674(04)00045-5. PMID 14744438.
  4. ↑ Homo sapiens miRNAs in the miRBase at Manchester University.
  5. ↑ Bentwich I, Avniel A, Karov Y, Aharonov R, Gilad S, Barad O, Barzilai A, Einat P, Einav U, Meiri E, Sharon E, Spector Y, Bentwich Z (juuli 2005). "Identification of hundreds of conserved and nonconserved human microRNAs". Nat. Genet. 37 (7): 766–70. DOI:10.1038/ng1590. PMID 15965474.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  6. ↑ 6,0 6,1 6,2 Lewis BP, Burge CB, Bartel DP (2005). "Conserved seed pairing, often flanked by adenosines, indicates that thousands of human genes are microRNA targets". Cell. 120 (1): 15–20. DOI:10.1016/j.cell.2004.12.035. PMID 15652477.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  7. ↑ Friedman RC, Farh KK, Burge CB, Bartel DP (jaanuar 2009). "Most mammalian mRNAs are conserved targets of microRNAs". Genome Res. 19 (1): 92–105. DOI:10.1101/gr.082701.108. PMC 2612969. PMID 18955434.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  8. ↑ Lim LP, Lau NC, Weinstein EG, Abdelhakim A, Yekta S, Rhoades MW, Burge CB, Bartel DP (aprill 2003). "The microRNAs of Caenorhabditis elegans". Genes Dev. 17 (8): 991–1008. DOI:10.1101/gad.1074403. PMC 196042. PMID 12672692.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  9. ↑ 9,0 9,1 9,2 Lewis BP, Shih IH, Jones-Rhoades M, Bartel DP, Burge CB (2003). "Prediction of Mammalian MicroRNA Targets". Cell. 115 (7): 787–798. DOI:10.1016/S0092-8674(03)01018-3. PMID 14697198.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  10. ↑ He L, Hannon GJ (juuli 2004). "MicroRNAs: small RNAs with a big role in gene regulation". Nat. Rev. Genet. 5 (7): 522–31. DOI:10.1038/nrg1379. PMID 15211354.
  11. ↑ Tanzer A, Stadler PF (mai 2004). "Molecular evolution of a microRNA cluster". J. Mol. Biol. 339 (2): 327–35. DOI:10.1016/j.jmb.2004.03.065. PMID 15136036.
  12. ↑ Molnár A, Schwach F, Studholme DJ, Thuenemann EC, Baulcombe DC (juuni 2007). "miRNAs control gene expression in the single-cell alga Chlamydomonas reinhardtii". Nature. 447 (7148): 1126–9. DOI:10.1038/nature05903. PMID 17538623.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  13. ↑ Kren BT, Wong PY, Sarver A, Zhang X, Zeng Y, Steer CJ (2009). "MicroRNAs identified in highly purified liver-derived mitochondria may play a role in apoptosis". RNA Biol. 6 (1): 65–72. DOI:10.4161/rna.6.1.7534. PMID 19106625.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  14. ↑ Lee CT, Risom T, Strauss WM (aprill 2007). "Evolutionary conservation of microRNA regulatory circuits: an examination of microRNA gene complexity and conserved microRNA-target interactions through metazoan phylogeny". DNA Cell Biol. 26 (4): 209–18. DOI:10.1089/dna.2006.0545. PMID 17465887.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  15. ↑ 15,0 15,1 Lim LP, Lau NC, Garrett-Engele P, Grimson A, Schelter JM, Castle J, Bartel DP, Linsley PS, Johnson JM (veebruar 2005). "Microarray analysis shows that some microRNAs downregulate large numbers of target mRNAs". Nature. 433 (7027): 769–773. DOI:10.1038/nature03315. PMID 15685193.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  16. ↑ Brennecke J, Hipfner DR, Stark A, Russell RB, Cohen SM (aprill 2003). "bantam encodes a developmentally regulated microRNA that controls cell proliferation and regulates the proapoptotic gene hid in Drosophila". Cell. 113 (1): 25–36. DOI:10.1016/S0092-8674(03)00231-9. PMID 12679032.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  17. ↑ Cuellar TL, McManus MT (detsember 2005). "MicroRNAs and endocrine biology". J. Endocrinol. 187 (3): 327–32. DOI:10.1677/joe.1.06426. PMID 16423811.
  18. ↑ Poy MN, Eliasson L, Krutzfeldt J, Kuwajima S, Ma X, Macdonald PE, Pfeffer S, Tuschl T, Rajewsky N, Rorsman P, Stoffel M (november 2004). "A pancreatic islet-specific microRNA regulates insulin secretion". Nature. 432 (7014): 226–30. DOI:10.1038/nature03076. PMID 15538371.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  19. ↑ Chen CZ, Li L, Lodish HF, Bartel DP (jaanuar 2004). "MicroRNAs modulate hematopoietic lineage differentiation". Science. 303 (5654): 83–6. DOI:10.1126/science.1091903. PMID 14657504.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  20. ↑ Wilfred BR, Wang WX, Nelson PT (juuli 2007). "Energizing miRNA research: a review of the role of miRNAs in lipid metabolism, with a prediction that miR-103/107 regulates human metabolic pathways". Mol. Genet. Metab. 91 (3): 209–17. DOI:10.1016/j.ymgme.2007.03.011. PMC 1978064. PMID 17521938.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  21. ↑ Harfe BD, McManus MT, Mansfield JH, Hornstein E, Tabin CJ (august 2005). "The RNaseIII enzyme Dicer is required for morphogenesis but not patterning of the vertebrate limb". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 102 (31): 10898–903. DOI:10.1073/pnas.0504834102. PMC 1182454. PMID 16040801.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  22. ↑ Lagos-Quintana M, Rauhut R, Yalcin A, Meyer J, Lendeckel W, Tuschl T (aprill 2002). "Identification of tissue-specific microRNAs from mouse". Curr. Biol. 12 (9): 735–9. DOI:10.1016/S0960-9822(02)00809-6. PMID 12007417.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  23. ↑ Trang, P.; Weidhaas, J. B.; Slack, F. J. (2008). "MicroRNAs as potential cancer therapeutics". Oncogene. 27 Suppl 2: S52–S57. DOI:10.1038/onc.2009.353. PMID 19956180.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  24. ↑ Li, C.; Feng, Y.; Coukos, G.; Zhang, L. (2009). "Therapeutic MicroRNA Strategies in Human Cancer". The AAPS journal. 11 (4): 747–757. DOI:10.1208/s12248-009-9145-9. PMC 2782079. PMID 19876744.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  25. ↑ Fasanaro, P.; Greco, S.; Ivan, M.; Capogrossi, M.; Martelli, F. (2010). "MicroRNA: emerging therapeutic targets in acute ischemic diseases". Pharmacology & therapeutics. 125 (1): 92–104. DOI:10.1016/j.pharmthera.2009.10.003. PMID 19896977.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  26. ↑ Lee RC, Feinbaum RL, Ambros V (detsember 1993). "The C. elegans heterochronic gene lin-4 encodes small RNAs with antisense complementarity to lin-14". Cell. 75 (5): 843–54. DOI:10.1016/0092-8674(93)90529-Y. PMID 8252621.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  27. ↑ Reinhart BJ, Slack FJ, Basson M, Pasquinelli AE, Bettinger JC, Rougvie AE, Horvitz HR, Ruvkun G (veebruar 2000). "The 21-nucleotide let-7 RNA regulates developmental timing in Caenorhabditis elegans". Nature. 403 (6772): 901–6. Bibcode:2000Natur.403..901R. DOI:10.1038/35002607. PMID 10706289.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  28. ↑ Pasquinelli AE, Reinhart BJ, Slack F, Martindale MQ, Kuroda MI, Maller B, Hayward DC, Ball EE, Degnan B, Müller P, Spring J, Srinivasan A, Fishman M, Finnerty J, Corbo J, Levine M, Leahy P, Davidson E, Ruvkun G (november 2000). "Conservation of the sequence and temporal expression of let-7 heterochronic regulatory RNA". Nature. 408 (6808): 86–9. DOI:10.1038/35040556. PMID 11081512.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  29. ↑ Ambros V, Bartel B, Bartel DP, Burge CB, Carrington JC, Chen X, Dreyfuss G, Eddy SR, Griffiths-Jones S, Marshall M, Matzke M, Ruvkun G, Tuschl T (märts 2003). "A uniform system for microRNA annotation". RNA. 9 (3): 277–9. DOI:10.1261/rna.2183803. PMC 1370393. PMID 12592000.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  30. ↑ Griffiths-Jones S, Grocock RJ, van Dongen S, Bateman A, Enright AJ (jaanuar 2006). "miRBase: microRNA sequences, targets and gene nomenclature". Nucleic Acids Res. 34 (Database issue): D140–4. DOI:10.1093/nar/gkj112. PMC 1347474. PMID 16381832.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  31. ↑ 31,0 31,1 Lau NC, Lim LP, Weinstein EG, Bartel DP (oktoober 2001). "An abundant class of tiny RNAs with probable regulatory roles in Caenorhabditis elegans". Science. 294 (5543): 858–62. DOI:10.1126/science.1065062. PMID 11679671.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  32. ↑ 32,0 32,1 32,2 32,3 32,4 32,5 Lee Y, Kim M, Han J, Yeom KH, Lee S, Baek SH, Kim VN (oktoober 2004). "MicroRNA genes are transcribed by RNA polymerase II". EMBO J. 23 (20): 4051–60. DOI:10.1038/sj.emboj.7600385. PMC 524334. PMID 15372072.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  33. ↑ Lagos-Quintana M, Rauhut R, Lendeckel W, Tuschl T (oktoober 2001). "Identification of novel genes coding for small expressed RNAs". Science. 294 (5543): 853–8. DOI:10.1126/science.1064921. PMID 11679670.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  34. ↑ Lee RC, Ambros V (oktoober 2001). "An extensive class of small RNAs in Caenorhabditis elegans". Science. 294 (5543): 862–4. DOI:10.1126/science.1065329. PMID 11679672.
  35. ↑ 35,0 35,1 Rodriguez A, Griffiths-Jones S, Ashurst JL, Bradley A (oktoober 2004). "Identification of mammalian microRNA host genes and transcription units". Genome Res. 14 (10A): 1902–10. DOI:10.1101/gr.2722704. PMC 524413. PMID 15364901.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  36. ↑ 36,0 36,1 36,2 36,3 Cai X, Hagedorn CH, Cullen BR (detsember 2004). "Human microRNAs are processed from capped, polyadenylated transcripts that can also function as mRNAs". RNA. 10 (12): 1957–66. DOI:10.1261/rna.7135204. PMC 1370684. PMID 15525708.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  37. ↑ Weber MJ (jaanuar 2005). "New human and mouse microRNA genes found by homology search". FEBS J. 272 (1): 59–73. DOI:10.1111/j.1432-1033.2004.04389.x. PMID 15634332.
  38. ↑ Kim YK, Kim VN (veebruar 2007). "Processing of intronic microRNAs". EMBO J. 26 (3): 775–83. DOI:10.1038/sj.emboj.7601512. PMC 1794378. PMID 17255951.
  39. ↑ Baskerville S, Bartel DP (märts 2005). "Microarray profiling of microRNAs reveals frequent coexpression with neighboring miRNAs and host genes". RNA. 11 (3): 241–7. DOI:10.1261/rna.7240905. PMC 1370713. PMID 15701730.
  40. ↑ Altuvia Y, Landgraf P, Lithwick G, Elefant N, Pfeffer S, Aravin A, Brownstein MJ, Tuschl T, Margalit H (2005). "Clustering and conservation patterns of human microRNAs". Nucleic Acids Res. 33 (8): 2697–706. DOI:10.1093/nar/gki567. PMC 1110742. PMID 15891114.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  41. ↑ 41,0 41,1 Zhou X, Ruan J, Wang G, Zhang W (märts 2007). "Characterization and identification of microRNA core promoters in four model species". PLoS Comput. Biol. 3 (3): e37. DOI:10.1371/journal.pcbi.0030037. PMC 1817659. PMID 17352530.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  42. ↑ Faller, M.; Guo, F. "MicroRNA biogenesis: there's more than one way to skin a cat". Biochimica et Biophysica Acta. 1779 (11): 663–667. DOI:10.1016/j.bbagrm.2008.08.005. PMC 2633599. PMID 18778799.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  43. ↑ Gregory, R.; Chendrimada, T.; Shiekhattar, R. (2006). "MicroRNA biogenesis: isolation and characterization of the microprocessor complex". Methods in molecular biology (Clifton, N.J.). 342: 33–48. DOI:10.1385/1-59745-123-1:33. ISBN 1-59745-123-1. PMID 16957365. {{cite journal}}: eiran teksti "pmc" (juhend)CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  44. ↑ Berezikov, E.; Chung, W.; Willis, J.; Cuppen, E.; Lai, E. "Mammalian mirtron genes". Molecular cell. 28 (2): 328–336. DOI::10.1016/j.molcel.2007.09.028. PMC 2763384. PMID 17964270. {{cite journal}}: kontrolli parameetri |doi= väärtust (juhend)CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  45. ↑ 45,0 45,1 Kawahara, Y.; Megraw, M.; Kreider, E.; Iizasa, H.; Valente, L.; Hatzigeorgiou, A.; Nishikura, K. (2008). "Frequency and fate of microRNA editing in human brain". Nucleic Acids Research. 36 (16): 5270–5280. DOI:10.1093/nar/gkn479. PMC 2532740. PMID 18684997.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  46. ↑ Winter, J.; Jung, S.; Keller, S.; Gregory, R.; Diederichs, S. (2009). "Many roads to maturity: microRNA biogenesis pathways and their regulation". Nature cell biology. 11 (3): 228–234. DOI::10.1038/ncb0309-228. PMID 19255566. {{cite journal}}: kontrolli parameetri |doi= väärtust (juhend)CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  47. ↑ Ohman, M. (2007). "A-to-I editing challenger or ally to the microRNA process". Biochimie. 89 (10): 1171–1176. DOI::10.1016/j.biochi.2007.06.002. PMID 17628290. {{cite journal}}: kontrolli parameetri |doi= väärtust (juhend)
  48. ↑ "MiRNAs on the move: miRNA biogenesis and the RNAi machinery". Current opinion in cell biology. 16 (3): 223–229. 2004. DOI:10.1016/j.ceb.2004.04.003. PMID 15145345. {{cite journal}}: eiran teksti "author Murchison, E.; Hannon, G." (juhend)
  49. ↑ 49,0 49,1 Lund, E.; Dahlberg, J. (2006). "Substrate selectivity of exportin 5 and Dicer in the biogenesis of microRNAs". Cold Spring Harbor symposia on quantitative biology. 71: 59–66. DOI:10.1101/sqb.2006.71.050. PMID 17381281.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  50. ↑ "The mechanism of RNase III action: how dicer dices". Current topics in microbiology and immunology. 320. 2008. DOI:10.1007/978-3-540-75157-1_5. PMID 18268841. {{cite journal}}: eiran teksti "author Ji, X." (juhend); eiran teksti "pages 99–116" (juhend)
  51. ↑ Lelandais-Brière C, Sorin C, Declerck M, Benslimane A, Crespi M, Hartmann C (märts 2010). "Small RNA diversity in plants and its impact in development". Current Genomics. 11 (1): 14–23. DOI:10.2174/138920210790217918. PMC 2851111. PMID 20808519.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  52. ↑ {{Cite doi|10.1038/nrm2085>Rana, T. M. (2007). "Illuminating the silence: understanding the structure and function of small RNAs". Nature Reviews Molecular Cell Biology. 8 (1): 23–36. DOI:10.1038/nrm2085. PMID 17183358.
  53. ↑ Schwarz, D.; Zamore, P. (2002). "Why do miRNAs live in the miRNP?". Genes & development. 16 (9): 1025–1031. DOI:10.1101/gad.992502. PMID 12000786.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  54. ↑ Krol J, Sobczak K, Wilczynska U, Drath M, Jasinska A, Kaczynska D, Krzyzosiak WJ (2004). "Structural features of microRNA (miRNA) precursors and their relevance to miRNA biogenesis and small interfering RNA/short hairpin RNA design". J Biol Chem. 279 (40): 42230–9. DOI:10.1074/jbc.M404931200. PMID 15292246.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  55. ↑ Khvorova A, Reynolds A, Jayasena SD (2003). "Functional siRNAs and miRNAs exhibit strand bias". Cell. 115 (2): 209–16. DOI:10.1016/S0092-8674(03)00801-8. PMID 14567918.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  56. ↑ Schwarz DS, Hutvágner G, Du T, Xu Z, Aronin N, Zamore PD (2003). "Asymmetry in the assembly of the RNAi enzyme complex". Cell. 115 (2): 199–208. DOI:10.1016/S0092-8674(03)00759-1. PMID 14567917.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  57. ↑ Lin SL, Chang D, Ying SY (2005). "Asymmetry of intronic pre-miRNA structures in functional RISC assembly". Gene. 356: 32–8. DOI:10.1016/j.gene.2005.04.036. PMC 1788082. PMID 16005165.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  58. ↑ Okamura K, Chung WJ, Lai EC (2008). "The long and short of inverted repeat genes in animals: microRNAs, mirtrons and hairpin RNAs". Cell Cycle. 7 (18): 2840–5. DOI:10.4161/cc.7.18.6734. PMC 2697033. PMID 18769156.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  59. ↑ 59,0 59,1 Pratt, A.; MacRae, I. (2009). "The RNA-induced silencing complex: a versatile gene-silencing machine". The Journal of biological chemistry. 284 (27): 17897–17901. DOI:10.1074/jbc.R900012200. PMC 2709356. PMID 19342379.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  60. ↑ Schwarz, D.; Zamore, P. (2002). "Why do miRNAs live in the miRNP?". Genes & development (16 (9)): 1025–1031. DOI:10.1101/gad.992502. PMID 12000786.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  61. ↑ MacRae, I.; Ma, E.; Zhou, M.; Robinson, C.; Doudna, J. (2008). "In vitro reconstitution of the human RISC-loading complex". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (105 (2)): 512–517. Bibcode:2008PNAS..105..512M. DOI:10.1073/pnas.0710869105. PMC 2206567. PMID 18178619.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  62. ↑ Murchison, E.; Hannon, G (2004). "MiRNAs on the move: miRNA biogenesis and the RNAi machinery". Current opinion in cell biology (16 (3)): 223–229. DOI:10.1016/j.ceb.2004.04.003. PMID 15145345.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  63. ↑ Mourelatos Z, Dostie J, Paushkin S; et al. (märts 2002). "miRNPs: a novel class of ribonucleoproteins containing numerous microRNAs". Genes Dev. 16 (6): 720–8. DOI:10.1101/gad.974702. PMC 155365. PMID 11914277. {{cite journal}}: et al.-i üleliigne kasutus kohas: |author= (juhend)CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  64. ↑ 64,0 64,1 64,2 Kai, Z.; Pasquinelli, A. (2010). "MicroRNA assassins: factors that regulate the disappearance of miRNAs". Nature structural & molecular biology (17 (1)): 5–10. DOI:10.1038/nsmb.1762. PMID 20051982.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  65. ↑ Chatterjee S, Großhans H (september 2009). "Active turnover modulates mature microRNA activity in Caenorhabditis elegans". Nature. 461 (7263): 546–459. DOI:10.1038/nature08349. PMID 19734881.
  66. ↑ Wang XJ, Reyes JL, Chua NH, Gaasterland T (2004). "Prediction and identification of Arabidopsis thaliana microRNAs and their mRNA targets". Genome Biol. 5 (9): R65. DOI:10.1186/gb-2004-5-9-r65. PMC 522872. PMID 15345049. Originaali arhiivikoopia seisuga 6. september 2008. Vaadatud 6. novembril 2011.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  67. ↑ Kawasaki H, Taira K (2004). "MicroRNA-196 inhibits HOXB8 expression in myeloid differentiation of HL60 cells". Nucleic Acids Symp Ser. 48 (48): 211–2. DOI:10.1093/nass/48.1.211. PMID 17150553.
  68. ↑ 68,0 68,1 Moxon S, Jing R, Szittya G; et al. (oktoober 2008). "Deep sequencing of tomato short RNAs identifies microRNAs targeting genes involved in fruit ripening". Genome Res. 18 (10): 1602–9. DOI:10.1101/gr.080127.108. PMC 2556272. PMID 18653800. {{cite journal}}: et al.-i üleliigne kasutus kohas: |author= (juhend)CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  69. ↑ Williams AE (veebruar 2008). "Functional aspects of animal microRNAs". Cell. Mol. Life Sci. 65 (4): 545–62. DOI:10.1007/s00018-007-7355-9. PMID 17965831.
  70. ↑ Eulalio A, Huntzinger E, Nishihara T, Rehwinkel J, Fauser M, Izaurralde E (jaanuar 2009). "Deadenylation is a widespread effect of miRNA regulation". RNA. 15 (1): 21–32. DOI:10.1261/rna.1399509. PMC 2612776. PMID 19029310.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  71. ↑ Mazière P, Enright AJ (juuni 2007). "Prediction of microRNA targets". Drug Discov. Today. 12 (11–12): 452–8. DOI:10.1016/j.drudis.2007.04.002. PMID 17532529.
  72. ↑ Tan Y, Zhang B, Wu T; et al. (veebruar 2009). "Transcriptional inhibition of Hoxd4 expression by noncoding RNAs in human breast cancer cells". BMC Mol. Biol. 10: 12. DOI:10.1186/1471-2199-10-12. PMC 2680403. PMID 19232136. {{cite journal}}: et al.-i üleliigne kasutus kohas: |author= (juhend)CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  73. ↑ Hawkins PG, Morris KV (märts 2008). "RNA and transcriptional modulation of gene expression". Cell Cycle. 7 (5): 602–7. DOI:10.4161/cc.7.5.5522. PMC 2877389. PMID 18256543.
  74. ↑ Stark A, Brennecke J, Bushati N, Russell RB, Cohen SM (2005). "Animal MicroRNAs confer robustness to gene expression and have a significant impact on 3'UTR evolution". Cell. 123 (6): 1133–46. DOI:10.1016/j.cell.2005.11.023. PMID 16337999.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  75. ↑ 75,0 75,1 Li LC (2008). "Small RNA-Mediated Gene Activation". RNA and the Regulation of Gene Expression: A Hidden Layer of Complexity. Caister Academic Press. ISBN 978-1-904455-25-7.
  76. ↑ Place RF, Li LC, Pookot D, Noonan EJ, Dahiya R (2008). "MicroRNA-373 induces expression of genes with complementary promoter sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 105 (5): 1608–13. DOI:10.1073/pnas.0707594105. PMC 2234192. PMID 18227514.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  77. ↑ Salmena, Leonardo; Poliseno, Laura; Tay, Yvonne; Kats, Lev; Pandolfi, Pier Paolo (2011). "A ceRNA Hypothesis: The Rosetta Stone of a Hidden RNA Language?". Cell. Elsevier Inc. 146 (3): 353–358. DOI:10.1016/j.cell.2011.07.014. Vaadatud 15. augustil 2011.
  78. ↑ 78,0 78,1 Wheeler, B.; Heimberg, A.; Moy, V.; Sperling, E.; Holstein, T.; Heber, S.; Peterson, K. (detsember 2009). "The deep evolution of metazoan microRNAs". Evolution & development. 11 (1): 50–68. DOI:10.1111/j.1525-142X.2008.00302.x. PMID 19196333.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  79. ↑ 79,0 79,1 Heimberg, A.; Sempere, L.; Moy, V.; Donoghue, P.; Peterson, K. (2008). "MicroRNAs and the advent of vertebrate morphological complexity". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (105 (8)): 2946–2950. Bibcode:2008PNAS..105.2946H. DOI:10.1073/pnas.0712259105. PMC 2268565. PMID 18287013.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  80. ↑ 80,0 80,1 80,2 Peterson, K.; Dietrich, M.; McPeek, M. (2009). "MicroRNAs and metazoan macroevolution: insights into canalization, complexity, and the Cambrian explosion". BioEssays : news and reviews in molecular, cellular and developmental biology (31 (7)): 736–747. DOI:10.1002/bies.200900033. PMID 19472371.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  81. ↑ 81,0 81,1 81,2 Nozawa, M.; Miura, S.; Nei, M. (2010). "Origins and Evolution of MicroRNA Genes in Drosophila Species". Genome Biology and Evolution: 180–189. DOI:10.1093/gbe/evq009. PMC 2942034. PMID 20624724.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  82. ↑ Caravas, J.; Friedrich, M. (2010). "Of mites and millipedes: Recent progress in resolving the base of the arthropod tree". BioEssays (32 (6)): 488. DOI:10.1002/bies.201000005. PMID 20486135.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  83. ↑ Cock, J. M.; Sterck, L.; Rouzé, P.; Scornet, D.; Allen, A. E.; Amoutzias, G.; Anthouard, V.; Artiguenave, F. O.; et al. (2010). "The Ectocarpus genome and the independent evolution of multicellularity in brown algae". Nature (465 (7298)): 617–621. Bibcode:2010Natur.465..617C. DOI:10.1038/nature09016. PMID 20520714. {{cite journal}}: et al.-i üleliigne kasutus kohas: |author= (juhend)CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  84. ↑ Dimond, Patricia F. (15. märts 2010). "miRNAs' Therapeutic Potential". Genetic Engineering & Biotechnology News. Kd 30, nr 6. Lk 1. Originaali arhiivikoopia seisuga 10. juuli 2010. Vaadatud 10. juulil 2010.
  85. ↑ Tjaden, B.; Goodwin, S. S.; Opdyke, J. A.; Guillier, M.; Fu, D. X.; Gottesman, S.; Storz, G. (2006). "Target prediction for small, noncoding RNAs in bacteria". Nucleic Acids Research. 34 (9): 2791. DOI:10.1093/nar/gkl356. PMC 1464411. PMID 16717284.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  86. ↑ Caifu, Chen (25. oktoober 2005). "Real-time quantification of microRNAs by stem–loop RT–PCR". Nucleic Acids Research. 33 (20): e179. DOI:10.1093/nar/gni178. PMC 1292995. PMID 16314309. {{cite journal}}: eiran tundmatut parameetrit |coauthors=, kasuta parameetrit (|author=) (juhend)
  87. ↑ Shingara J, Keiger K, Shelton J, Laosinchai-Wolf W, Powers P, Conrad R, Brown D, Labourier E (september 2005). "An optimized isolation and labeling platform for accurate microRNA expression profiling". RNA. 11 (9): 1461–70. DOI:10.1261/rna.2610405. PMC 1370829. PMID 16043497.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  88. ↑ Buermans HP, Ariyurek Y, van Ommen G, den Dunnen JT, 't Hoen PA. (detsember 2010). "New methods for next generation sequencing based microRNA expression profiling". BMC Genomics. 11: 716. DOI:10.1186/1471-2164-11-716. PMC 3022920. PMID 21171994.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  89. ↑ Kloosterman WP, Wienholds E, Ketting RF, Plasterk RH (2004). "Substrate requirements for let-7 function in the developing zebrafish embryo". Nucleic Acids Res. 32 (21): 6284–91. DOI:10.1093/nar/gkh968. PMC 535676. PMID 15585662.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  90. ↑ Flynt AS, Li N, Thatcher EJ, Solnica-Krezel L, Patton JG (veebruar 2007). "Zebrafish miR-214 modulates Hedgehog signaling to specify muscle cell fate". Nat. Genet. 39 (2): 259–63. DOI:10.1038/ng1953. PMID 17220889.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  91. ↑ Meister G, Landthaler M, Dorsett Y, Tuschl T (märts 2004). "Sequence-specific inhibition of microRNA- and siRNA-induced RNA silencing". RNA. 10 (3): 544–50. DOI:10.1261/rna.5235104. PMC 1370948. PMID 14970398.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  92. ↑ Kloosterman WP, Lagendijk AK, Ketting RF, Moulton JD, Plasterk RH (august 2007). "Targeted inhibition of miRNA maturation with morpholinos reveals a role for miR-375 in pancreatic islet development". PLoS Biol. 5 (8): e203. DOI:10.1371/journal.pbio.0050203. PMC 1925136. PMID 17676975.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  93. ↑ Choi, WY (2007). "Target Protectors Reveal Dampening and Balancing of Nodal Agonist and Antagonist by miR-430". Science. 318 (5848): 271–4. DOI:10.1126/science.1147535. PMID 17761850. {{cite journal}}: eiran tundmatut parameetrit |coauthors=, kasuta parameetrit (|author=) (juhend)
  94. ↑ Klein, E.; Lioy, T.; Ma, L.; Impey, S.; Mandel, G.; Goodman, H. (detsember 2007). "Homeostatic regulation of MeCP2 expression by a CREB-induced microRNA". Nature neuroscience. 10 (12): 1513–1514. DOI:10.1038/nn2010. ISSN 1097-6256. PMID 17994015.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  95. ↑ You Y, Moreira BG, Behlke MA, Owczarzy R (2006). "Design of LNA probes that improve mismatch discrimination". Nucleic Acids Res. 34 (8): e60. DOI:10.1093/nar/gkl175. PMC 1456327. PMID 16670427.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  96. ↑ Kaur H, Arora A, Wengel J, Maiti S, Arora A, Wengel J, Maiti S (2006). "Thermodynamic, Counterion, and Hydration Effects for the Incorporation of Locked Nucleic Acid Nucleotides into DNA Duplexes". Biochemistry. 45 (23): 7347–55. DOI:10.1021/bi060307w. PMID 16752924.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  97. ↑ Jiang Q, Wang Y, Hao Y, Juan L, Teng M, Zhang X, Li M, Wang G, Liu Y. (jaanuar 2009). "miR2Disease: a manually curated database for microRNA deregulation in human disease". Nucleic Acids Research. 37. (Database issue) (Database issue): D98–104. DOI:10.1093/nar/gkn714. PMC 2686559. PMID 18927107.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  98. ↑ Mencía, Á.; Modamio-Høybjør, S.; Redshaw, N.; Morín, M. A.; Mayo-Merino, F.; Olavarrieta, L.; Aguirre, L. A.; Del Castillo, I.; et al. (2009). "Mutations in the seed region of human miR-96 are responsible for nonsyndromic progressive hearing loss". Nature Genetics. 41 ((5)): 609–613. DOI:10.1038/ng.355. PMID 19363479. {{cite journal}}: et al.-i üleliigne kasutus kohas: |author= (juhend)CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  99. ↑ Hughes AE, Bradley DT, Campbell M, Lechner J, Dash DP, Simpson DA, Willoughby CE (2011). "Mutation Altering the miR-184 Seed Region Causes Familial Keratoconus with Cataract". The American Journal of Human Genetics. DOI:10.1016/j.ajhg.2011.09.014. Vaadatud 14.10.2011.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  100. ↑ De Pontual, L. C.; Yao, E.; Callier, P.; Faivre, L.; Drouin, V. R.; Cariou, S.; Van Haeringen, A.; Geneviève, D.; et al. (2011). "Germline deletion of the miR-17-92 cluster causes growth and skeletal defects in humans". Nature Genetics. 43 ((10)): 1026–1030. DOI:10.1038/ng.915. PMC 3184212. PMID 21892160. {{cite journal}}: et al.-i üleliigne kasutus kohas: |author= (juhend)CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  101. ↑ 101,0 101,1 He L, Thomson JM, Hemann MT; et al. (juuni 2005). "A microRNA polycistron as a potential human oncogene". Nature. 435 (7043): 828–33. DOI:10.1038/nature03552. PMID 15944707. {{cite journal}}: et al.-i üleliigne kasutus kohas: |author= (juhend)CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  102. ↑ Mraz M, Pospisilova S, Malinova K; et al. (märts 2009). "MicroRNAs in chronic lymphocytic leukemia pathogenesis and disease subtypes". Leuk Lymphoma. 50 (3): 506–9. DOI:10.1080/10428190902763517. PMID 19347736. {{cite journal}}: et al.-i üleliigne kasutus kohas: |author= (juhend)CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  103. ↑ Cui JW, Li YJ, Sarkar A, Brown J, Tan YH, Premyslova M, Michaud C, Iscove N, Wang GJ, Ben-David Y. (juuni 2007). "Retroviral insertional activation of the Fli-3 locus in erythroleukemias encoding a cluster of microRNAs that convert Epo-induced differentiation to proliferation". Blood. 110 (7): 2631–40. DOI:10.1182/blood-2006-10-053850. PMID 17586726.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  104. ↑ O'Donnell KA, Wentzel EA, Zeller KI, Dang CV, Mendell JT (juuni 2005). "c-Myc-regulated microRNAs modulate E2F1 expression". Nature. 435 (7043): 839–43. DOI:10.1038/nature03677. PMID 15944709.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  105. ↑ Lu J, Getz G, Miska EA; et al. (juuni 2005). "MicroRNA expression profiles classify human cancers". Nature. 435 (7043): 834–8. DOI:10.1038/nature03702. PMID 15944708. {{cite journal}}: et al.-i üleliigne kasutus kohas: |author= (juhend)CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  106. ↑ Zanesi, N (2010). "MicroRNAs in mouse models of lymphoid malignancies". J Nucl Acid Invest. 1 (8): 36–40. DOI:10.4081/jnai.2010.e8.
  107. ↑ "Screening Tool Can Detect Colorectal Cancer from a Small Blood Sample". American Association for Cancer Research. 29. september 2010. Originaali arhiivikoopia seisuga 14.05.2011. Vaadatud 29.11.2010.
  108. ↑ Nielsen BS, Jørgensen S, Fog JU, Søkilde R, Christensen IJ, Hansen U, Brünner N, Baker A, Møller S, Nielsen HJ (oktoober 2010). "High levels of microRNA-21 in the stroma of colorectal cancers predict short disease-free survival in stage II colon cancer patients". Clin Exp Metastasis. 28 (1): 27–38. DOI:10.1007/s10585-010-9355-7. PMC 2998639. PMID 21069438.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  109. ↑ Võsa U, Vooder T, Kolde R; et al. (oktoober 2011). "Identification of miR-374a as a prognostic marker for survival in patients with early-stage nonsmall cell lung cancer". Genes Chromosomes Cancer. 50 (1): 812–22. DOI:10.1002/gcc.20902. PMID 21748820. {{cite journal}}: et al.-i üleliigne kasutus kohas: |author= (juhend)CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  110. ↑ Akçakaya P, Ekelund S, Kolosenko I; et al. (august 2011). "miR-185 and miR-133b deregulation is associated with overall survival and metastasis in colorectal cancer". Int J Oncol. 39 (2): 311–8. DOI:10.3892/ijo.2011.1043. PMID 21573504. {{cite journal}}: et al.-i üleliigne kasutus kohas: |author= (juhend)CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  111. ↑ Chen JF, Murchison EP, Tang R; et al. (veebruar 2008). "Targeted deletion of Dicer in the heart leads to dilated cardiomyopathy and heart failure". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 105 (6): 2111–6. DOI:10.1073/pnas.0710228105. PMC 2542870. PMID 18256189. {{cite journal}}: et al.-i üleliigne kasutus kohas: |author= (juhend)CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  112. ↑ 112,0 112,1 Zhao Y, Ransom JF, Li A; et al. (aprill 2007). "Dysregulation of cardiogenesis, cardiac conduction, and cell cycle in mice lacking miRNA-1-2". Cell. 129 (2): 303–17. DOI:10.1016/j.cell.2007.03.030. PMID 17397913. {{cite journal}}: et al.-i üleliigne kasutus kohas: |author= (juhend)CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  113. ↑ Thum T, Galuppo P, Wolf C; et al. (juuli 2007). "MicroRNAs in the human heart: a clue to fetal gene reprogramming in heart failure". Circulation. 116 (3): 258–67. DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.107.687947. PMID 17606841. {{cite journal}}: et al.-i üleliigne kasutus kohas: |author= (juhend)CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  114. ↑ van Rooij E, Sutherland LB, Liu N; et al. (november 2006). "A signature pattern of stress-responsive microRNAs that can evoke cardiac hypertrophy and heart failure". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 103 (48): 18255–60. DOI:10.1073/pnas.0608791103. PMC 1838739. PMID 17108080. {{cite journal}}: et al.-i üleliigne kasutus kohas: |author= (juhend)CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  115. ↑ Tatsuguchi M, Seok HY, Callis TE; et al. (juuni 2007). "Expression of microRNAs is dynamically regulated during cardiomyocyte hypertrophy". J. Mol. Cell. Cardiol. 42 (6): 1137–41. DOI:10.1016/j.yjmcc.2007.04.004. PMC 1934409. PMID 17498736. {{cite journal}}: et al.-i üleliigne kasutus kohas: |author= (juhend)CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  116. ↑ Xiao J, Luo X, Lin H; et al. (aprill 2007). "MicroRNA miR-133 represses HERG K+ channel expression contributing to QT prolongation in diabetic hearts". J. Biol. Chem. 282 (17): 12363–7. DOI:10.1074/jbc.C700015200. PMID 17344217. Originaali arhiivikoopia seisuga 3. juuli 2020. Vaadatud 14. novembril 2011. {{cite journal}}: et al.-i üleliigne kasutus kohas: |author= (juhend)CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  117. ↑ Yang B, Lin H, Xiao J; et al. (aprill 2007). "The muscle-specific microRNA miR-1 regulates cardiac arrhythmogenic potential by targeting GJA1 and KCNJ2". Nat. Med. 13 (4): 486–91. DOI:10.1038/nm1569. PMID 17401374. {{cite journal}}: et al.-i üleliigne kasutus kohas: |author= (juhend)CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  118. ↑ Carè A, Catalucci D, Felicetti F; et al. (mai 2007). "MicroRNA-133 controls cardiac hypertrophy". Nat. Med. 13 (5): 613–8. DOI:10.1038/nm1582. PMID 17468766. {{cite journal}}: et al.-i üleliigne kasutus kohas: |author= (juhend)CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  119. ↑ van Rooij E, Sutherland LB, Qi X, Richardson JA, Hill J, Olson EN (aprill 2007). "Control of stress-dependent cardiac growth and gene expression by a microRNA". Science. 316 (5824): 575–9. DOI:10.1126/science.1139089. PMID 17379774.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  120. ↑ Maes OC, Chertkow HM, Wang E, Schipper HM (2009). "MicroRNA: Implications for Alzheimer Disease and other Human CNS Disorders". Current Genomics. 10 (3): 154–68. DOI:10.2174/138920209788185252. PMC 2705849. PMID 19881909. {{cite journal}}: eiran tundmatut parameetrit |month= (juhend)CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  121. ↑ Schratt G (detsember 2009). "microRNAs at the synapse". Nat. Rev. Neurosci. 10 (12): 842–9. DOI:10.1038/nrn2763. PMID 19888283.
  122. ↑ Feng J, Sun G, Yan J, Noltner K, Li W, Buzin CH, Longmate J, Heston LL, Rossi J, Sommer SS (2009). Reif, Andreas (toim). "Evidence for X-chromosomal schizophrenia associated with microRNA alterations". PLoS ONE. 4 (7): e6121. DOI:10.1371/journal.pone.0006121. PMC 2699475. PMID 19568434.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  123. ↑ Beveridge NJ, Gardiner E, Carroll AP, Tooney PA, Cairns MJ (september 2009). "Schizophrenia is associated with an increase in cortical microRNA biogenesis". Mol. Psychiatry. 15 (12): 1176–89. DOI:10.1038/mp.2009.84. PMC 2990188. PMID 19721432.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  124. ↑ Pheasant M, Mattick JS (september 2007). "Raising the estimate of functional human sequences". Genome Res. 17 (9): 1245–53. DOI:10.1101/gr.6406307. PMID 17690206.
  125. ↑ Bertone P, Stolc V, Royce TE, Rozowsky JS, Urban AE, Zhu X, Rinn JL, Tongprasit W, Samanta M, Weissman S, Gerstein M, Snyder M (detsember 2004). "Global identification of human transcribed sequences with genome tiling arrays". Science. 306 (5705): 2242–6. DOI:10.1126/science.1103388. PMID 15539566.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  126. ↑ Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T; et al. (jaanuar 2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. DOI:10.1038/ng1285. PMID 14702039. {{cite journal}}: et al.-i üleliigne kasutus kohas: |author= (juhend)CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  127. ↑ Kuhn DE, Martin MM, Feldman DS, Terry AV, Nuovo GJ, Elton TS (jaanuar 2008). "Experimental validation of miRNA targets". Methods. 44 (1): 47–54. DOI:10.1016/j.ymeth.2007.09.005. PMC 2237914. PMID 18158132.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)
  128. ↑ Hüttenhofer A, Schattner P, Polacek N (mai 2005). "Non-coding RNAs: hope or hype?". Trends Genet. 21 (5): 289–97. DOI:10.1016/j.tig.2005.03.007. PMID 15851066.{{cite journal}}: CS1 hooldus: mitu nime: autorite loend (link)

Välislingid

muuda
Pärit leheküljelt "https://et.wikipedia.org/w/index.php?title=Mikro-RNA&oldid=6701481"