En 1876, [[Robert Koch]] estis montrinta, ke ''Bacillus anthracis'' okazigas antrakson.<ref name="De Paolo">{{Citaĵo el libro|url=https://books.google.com/books?id=Xcz7Y9qVGQMC&pg=PA103|titolo=Epidemic Disease and Human Understanding: A Historical Analysis of Scientific and Other Writings|familia nomo=De Paolo|persona nomo=Charles|dato=2006|eldoninto=McFarland|ISBN=978-0-7864-2506-8|paĝoj=103, 111–114}}</ref> En siaj artikoloj publikigitaj inter 1878 kaj 1880, Pasteur menciis la laboron de Koch nur en piednoto. Koch renkontiĝis kun en la Sepa Internacia Medicina Kongreso en 1881. Kelkajn monatojn poste, Koch skrbisskribis, ke Pasteur estis uzinta malpurajn kultivaĵojn kaj estis farintaj erarojn. En 1882, Pasteur respondis al Koch en diskurso, al kiu Koch respondis agreseme.<ref name="ullmann" >Ullmann, Agnes (Aŭgusto 2007). [https://web.archive.org/web/20160510103839/http://www.asm.org/index.php/component/content/article/114-unknown/unknown/4469-pasteur-koch-distinctive-ways-of-thinking-about-infectious-diseases "Pasteur-Koch: Distinctive Ways of Thinking about Infectious Diseases".] Microbe. 2 (8): 383–387. Arkivita el la originalo la 10an de Majo 2016. Alirita la 29an de Januaro 2022.</ref> Koch asertis, ke Pasteur estis testinta sian vakcinon ĉe netaŭgaj animaloj kaj ke la esplorado de Pasteur ne estis propre scienca.<ref name=Ligon /> En 1882, Koch verkis "Pri Antraks-inokulado", en kiu li malakceptis kelkajn el la konkludoj de Pasteur pri antrakso kaj kritikis Pasteur pro reteno de siaj metodoj sekrete, saltante al konkludoj, kaj estante malpreciza. En 1883, Pasteur skribis, ke li estis uzanta kultivaĵojn preparitaj similmaniere al sia sukcesaj fermenteksperimentoj kaj ke misinterpretis statistikojn kaj ignoris la laboron de Pasteur pri silkraŭpoj.<ref name="De Paolo" />
