Die Super League 2008/09 war die 73. Spielzeit der höchsten griechischen Spielklasse im Männerfußball sowie die dritte Austragung unter dem Namen Super League. Die Saison fand vom 31. August 2008 bis 26. April 2009 statt. Olympiakos Piräus wurde Meister, Panathinaikos Athen sicherte sich durch den Sieg in den Playoffs den zweiten Startplatz in der UEFA Champions League.
Die Kreuztabelle stellt die Ergebnisse aller Spiele dieser Saison dar. Die Heimmannschaft ist in der linken Spalte, die Gastmannschaft in der oberen Zeile aufgelistet.
Die Teams, die sich am Ende der laufenden Super League Saison auf den Plätzen zwei bis fünf wiederfanden, spielten in den sogenannten Play-offs, einem Mini-Ausscheidungsturnier, um die europäischen Startplätze. Dabei erhielt der Zweite der regulären Saison drei Punkte gutgeschrieben, der Dritte zwei, der Vierte einen und der Fünfte keinen. Dem Sieger der Playoffs war die Teilnahme an der 2. Qualifikationsrunde der UEFA Champions League sicher. Der Zweitplatzierte qualifizierte sich für die Play-off-Runde der UEFA Europa League, der Drittplatzierte startete in Qualifikationsrunde drei und der Vierte in der 2. Qualifikationsrunde der UEFA Europa League.