Nidovirales
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Die Ordnung Nidovirales umfasst vier Familien von Viren mit einem nicht-segmentierten, einzelsträngigen RNA-Genom von positiver Polarität. Der Name leitet sich vom lateinischen nidus (Nest) ab, was auf die geschachtelten (engl. nested) messenger-RNAs der Nidovirales anspielt. Die drei Familien der Nidovirales unterscheiden sich hinsichtlich der Struktur und Funktion der viralen Replikase (RNA-Polymerase) von allen anderen RNA-Viren. Aufgrund von Strukturuntersuchungen dieser Replikasen sprach man zunächst von einer „Coronavirus-like superfamily“[3] Dies ist der Grund einer sonst nicht vorgenommenen Zusammenfassung anderer Familien in eine Ordnung.
Die Vertreter der Nidovirales verursachen wichtige Infektionen bei Säugetieren (besonders die Familie Coronaviridae). Lediglich die Familie Roniviridae wird nur bei Krustentieren gefunden.
Genom
Die Nidovirales haben vergleichsweise große RNA-Genome von 13–16 kb (Arterivirus) bis zu 28–31 kb (Coronaviridae). In dieser Unterfamilie befindet sich auch jenes Virus mit dem bislang größten bekannten nicht-segmentierten RNA-Genom, das Maus-Hepatitisvirus (MHV) mit einer Größe von 31.526 nt.[4] Die genomische RNA der Nidovirales ist polyadenyliert und besitzt (außer bei der Gattung Okavirus) eine Cap-Struktur an ihrem 5'-Ende. Typisch ist die Strategie der Nidovirales bei der Transkription der viralen mRNAs. Die verschiedenen Transkripte mindestens eines Leserahmens besitzen das gleiche polyA-Ende jedoch verschiedene Startpunkte, sie sind daher polycistronische (nested) mRNAs.
Systematik
Nach Vorgabe des ICTV mit Stand November 2018 gliedern sich die Nidovirales wie folgt:
- Ordnung Nidovirales
- Unterordnung Abnidovirineae
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- Unterfamilie Tiamatvirinae
- Genus Alphaabyssovirus – Subgenus: Aplyccavirus
- Familie Arteriviridae
- Unterfamilie Crocarterivirinae
- Genus Muarterivirus
- Unterfamilie Equarterivirinae
- Genus Alphaarterivirus (früher Equartevirus)
- Unterfamilie Heroarterivirinae
- Genus Lambdaarterivirus
- Unterfamilie Simarterivirinae
- Genus Deltaarterivirus – Subgenera: Hedartevirus, Pedartevirus
- Genus Epsilonarterivirus – Subgenus: Sheartevirus
- Genus Etaarterivirus
- Genus Iotaarterivirus – Subgenera: Debiartevirus, Kigiartevirus
- Genus Thetaarterivirus – Subgenera: Kaftartevirus, Mitartevirus
- Genus Zetaarterivirus
- Unterfamilie Variarterivirinae
- Genus Betaarterivirus – Subgenera: Ampobartevirus, Chibartevirus, Eurpobartevirus
- Genus Gammaarterivirus
- Unterfamilie Zealarterivirinae
- Genus Kappaarterivirus
- Aufgrund der Reorganisation dieser Familie gibt es die früheren Gattungen Dipartevirus, Nesartevirus, Porartevirus und Simartevirus nicht mehr.
- Unterordnung Cornidovirineae
- Familie Coronaviridae
- Unterfamilie Letovirinae
- Genus Alphaletovirus – Subgenus: Milecovirus
- Unterfamilie Orthocoronavirinae
- Genus Alphacoronavirus – Subgenera: Colacovirus, Decacovirus, Duvinacovirus, Luchacovirus, Minacovirus, Minunacovirus, Myotacovirus, Nyctacovirus, Pedacovirus, Rhinacovirus, Setracovirus, Tegacovirus
- Genus Betacoronavirus – Subgenera: Embecovirus, Hibecovirus, Merbecovirus, Nobecovirus, Sarbecovirus
- Genus Gammacoronavirus – Subgenera: Cegacovirus, Igacovirus
- Genus Deltacoronavirus – Subgenera: Andecovirus, Buldecovirus, Herdecovirus, Moordecovirus
- Unterordnung Mesnidovirineae
- Familie Medioniviridae
- Unterfamilie Medionivirinae
- Genus Turrinivirus – Subgenus: Beturrivirus
- Unterfamilie Tunicanivirinae
- Genus Bolenivirus – Subgenus: Balbicanovirus
- Familie Mesoniviridae
- Unterfamilie Hexponivirinae
- Genus Alphamesonivirus – Subgenera: Casualivirus, Enselivirus, Hanalivirus, Kadilivirus, Karsalivirus, Menolivirus, Namcalivirus, Ofalivirus
- Unterordnung Monidovirineae
- Familie Mononiviridae
- Unterfamilie Mononivirinae
- Genus Alphamononivirus – Subgenus: Dumedivirus
- Unterordnung Ronidovirineae
- Familie Euroniviridae
- Unterfamilie Ceronivirinae
- Genus Charybnivirus – Subgenera: Cradenivirus, Wenilivirus
- Unterfamilie Crustonivirinae
- Genus Paguronivirus – Subgenus: Behecravirus
- Familie Roniviridae[5]
- Unterfamilie Okanivirinae
- Unterordnung Tornidovirineae
- Familie Tobaniviridae
- Unterfamilie Piscanivirinae
- Genus Bafinivirus (früher Coronaviridae:Torovirinae) – Subgenera: Blicbavirus, Pimfabavirus
- Genus Oncotshavirus – Subgenus: Salnivirus
- Unterfamilie Remotovirinae
- Genus Bostovirus – Subgenus: Bosnitovirus
- Unterfamilie Serpentovirinae
- Genus Infratovirus – Subgenus: Xintolivirus
- Genus Pregotovirus – Subgenus: Roypretovirus
- Genus Sectovirus – Subgenus: Sanematovirus
- Genus Tiruvirus – Subgenus: Tilitovirus
- Unterfamilie Torovirinae (früher Fam. Coronaviridae)
- Genus Torovirus – Subgenus: Renitovirus
Literatur
- A. M. Q. King, M. J. Adams, E. B. Carstens, E. J. Lefkowitz (Hrsg.): Virus Taxonomy. Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. Amsterdam 2012 ISBN 978-0-12-384684-6, S. 785–795
- C.M. Fauquet, M.A. Mayo et al.: Eighth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses, London, San Diego, 2005
- David M. Knipe, Peter M. Howley et al. (Hrsg.): Fields' Virology, 4. Auflage, Philadelphia 2001
Quellen
- ↑ a b c ICTV: ICTV Taxonomy history: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus, EC 51, Berlin, Germany, July 2019; Email ratification March 2020 (MSL #35)
- ↑ ICTV Master Species List 2018b v1 MSL #34, Feb. 2019
- ↑ Snijder EJ, Spaan WJM: The coronavirus-like superfamily. In: Sidell SG (Hrsg.): The Coronaviridae, Plenumpress, New York 1995
- ↑ Referenzsequenz des MHV-Genoms
- ↑ SIB: Roniviridae, auf: ViralZone
- ↑ SIB: Okavirus, auf: ViralZone
- ↑ ThermoFisher: Gelbkopfvirus (YHV), in: Tierkrankheiten – Aquakultur/Fisch
- ↑ A.R. Ochoa-Meza et al.: Evaluation of a detection system of yellow head disease virus (YHV) using Q-PCR, in: Archives of Biological Sciences 65(4), S. 1629–1636, Januar 2013, doi:10.2298/ABS1304629O
- ↑ OIE: CHAPTER 2.2.9. Infection With Yellow Head Virus Genotype 1 Infection with yellow head virus genotype 1 means infecti on with the pathogenic agent yellow head virus genotype 1 (YHV1) of the Genus Okavirus and Family Roniviridae, in: Manual of Diagnostic Tests for Aquatic Animals, 19. August 2019
- ↑ Cesar B. Nadala Jr et al.: Yellow-head virus: a rhabdovirus-like pathogen of penaeid shrimp, in: Dis Aquat Org, Band 31, S. 141–146, 20. November 1997
- ↑ Y. Lu et al.: Infection of the yellow head baculo‐like virus (YBV) in two species of penaeid shrimp, Penaeus stylirostris (Stimpson) and Penaeus vannamei (Boone), in: Journal of Fish Diseases, November 1994, doi:10.1111/j.1365-2761.1994.tb00263.x (taxonomische Zuordnung offenbar veraltet)