„Mikrosatellit“ – Versionsunterschied

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'''Mikrosatelliten''' ('''SSR''' – ''Simple Sequence Repeats'' oder auch '''SSLP''' – ''Simple sequence length polymorphism'') sind kurze, [[Nichtcodierende Desoxyribonukleinsäure|nichtcodierende DNA]]-Sequenzen, die im [[Genom]] eines [[Organismus]] oft wiederholt werden. Oftmals konzentrieren sich viele Wiederholungen am selben [[Genlocus|Locus]] (Auffindeort einer Sequenz).
'''Mikrosatelliten''' (synonym ''Simple Sequence Repeats'', ''SSR'', ''short tandem repeats'', ''STR'' oder auch ''SSLP'' – ''Simple sequence length polymorphism'') sind kurze, [[Nichtcodierende Desoxyribonukleinsäure|nichtcodierende DNA]]-Sequenzen von zwei bis sechs [[Basenpaar]]en Länge, die im [[Genom]] eines [[Organismus]] oft wiederholt werden.<ref name="Butler">John M. Butler: ''Forensic DNA Typing.'' Academic Press, 2005, ISBN 978-0-080-47061-0, S.&nbsp;85.</ref> Oftmals konzentrieren sich viele Wiederholungen am selben [[Genlocus|Locus]] (Position einer Sequenz). Sie kommen gehäuft in [[Eukaryoten]] vor.<ref name="Butler2">John M. Butler: ''Fundamentals of Forensic DNA Typing.'' Academic Press, 2009, ISBN 978-0-080-96176-7, S.&nbsp;148.</ref>


Die wiederholte Sequenz in einem Mikrosatelliten ist sehr einfach. Sie besteht aus zwei bis vier [[Nukleotid]]en und kann 10- bis 100-mal wiederholt auftreten. Sequenziert man am Locus eines Mikrosatelliten, so erhält man Sequenzen wie „TAGTAGTAGTAGTAGTAG...“. Mikrosatelliten sind die häufigste Form repetitiver DNA.
Die wiederholte Sequenz in einem Mikrosatelliten ist sehr einfach. Sie besteht aus zwei bis vier [[Nukleotid]]en und kann 10- bis 100-mal wiederholt auftreten. Mikrosatelliten kommen, je nach Zählung, über eine Million Mal im menschlichen [[Genom]] vor.<ref name="Butler2" /> Sequenziert man am Locus eines Mikrosatelliten, so erhält man Sequenzen wie „TAGTAGTAGTAGTAGTAG...“. Mikrosatelliten sind die häufigste Form repetitiver DNA. Am häufigsten sind die Dinukleotidwiederholungen vom Typ (CA)n. Diese machen etwa 0,5 % des Genoms aus.
Am häufigsten sind die Dinukleotidwiederholungen vom Typ (CA)n. Diese machen etwa 0,5 % des Genoms aus.


Mikrosatelliten können zur Genanalyse verwendet werden, da die Anzahl der Wiederholungen sich bei verschiedenen Individuen unterscheidet und deswegen bei der [[enzym]]atischen Spaltung mit einem [[Restriktionsenzym]] DNA-Fragmente unterschiedlicher Länge hervorbringt. Auf diese Weise können [[Polymorphismus|Polymorphismen]] in der DNA festgestellt werden.
Mikrosatelliten können zur Genanalyse ([[STR-Analyse]]) verwendet werden, da die Anzahl der Wiederholungen sich bei verschiedenen Individuen unterscheidet und deswegen bei der [[enzym]]atischen Spaltung mit einem [[Restriktionsenzym]] DNA-Fragmente unterschiedlicher Länge hervorbringt. Auf diese Weise können [[Polymorphismus|Polymorphismen]] in der DNA festgestellt werden.


Eine Analyse der Länge der beiden Mikrosatelliten an einem bestimmten Ort ([[Genlocus|Locus]]) im Genom erfolgt durch die [[Polymerase-Kettenreaktion|PCR]]-Analyse. Dabei werden kurze synthetische Oligonukleotide (sogenannte [[Primer]]) verwendet, die komplementär zu denjenigen DNA-Sequenzen sind, die den interessierenden Mikrosatellit flankieren. Die beiden (meist unterschiedlichen) Produkte der PCR können durch [[Gelelektrophorese]] aufgetrennt und deren Länge damit bestimmt werden.
Eine Analyse der Länge der beiden Mikrosatelliten an einem bestimmten Ort ([[Genlocus|Locus]]) im Genom erfolgt durch die [[Polymerase-Kettenreaktion|PCR]]-Analyse. Dabei werden kurze synthetische Oligonukleotide (sogenannte [[Primer]]) verwendet, die komplementär zu denjenigen DNA-Sequenzen sind, die den interessierenden Mikrosatellit flankieren. Die beiden (meist unterschiedlichen) Produkte der PCR können durch [[Gelelektrophorese]] aufgetrennt und deren Länge damit bestimmt werden.
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*[[Satelliten-DNA]]
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*[[Minisatellit]]
*[[Minisatellit]]
*[[Short tandem repeat]]
*[[Mikrosatelliteninstabilität]]
*[[Mikrosatelliteninstabilität]]

== Einzelnachweise ==
<references />


[[Kategorie:Repetitive DNA]]
[[Kategorie:Repetitive DNA]]

Version vom 22. Januar 2017, 16:43 Uhr

Mikrosatelliten (synonym Simple Sequence Repeats, SSR, short tandem repeats, STR oder auch SSLP – Simple sequence length polymorphism) sind kurze, nichtcodierende DNA-Sequenzen von zwei bis sechs Basenpaaren Länge, die im Genom eines Organismus oft wiederholt werden.[1] Oftmals konzentrieren sich viele Wiederholungen am selben Locus (Position einer Sequenz). Sie kommen gehäuft in Eukaryoten vor.[2]

Die wiederholte Sequenz in einem Mikrosatelliten ist sehr einfach. Sie besteht aus zwei bis vier Nukleotiden und kann 10- bis 100-mal wiederholt auftreten. Mikrosatelliten kommen, je nach Zählung, über eine Million Mal im menschlichen Genom vor.[2] Sequenziert man am Locus eines Mikrosatelliten, so erhält man Sequenzen wie „TAGTAGTAGTAGTAGTAG...“. Mikrosatelliten sind die häufigste Form repetitiver DNA. Am häufigsten sind die Dinukleotidwiederholungen vom Typ (CA)n. Diese machen etwa 0,5 % des Genoms aus.

Mikrosatelliten können zur Genanalyse (STR-Analyse) verwendet werden, da die Anzahl der Wiederholungen sich bei verschiedenen Individuen unterscheidet und deswegen bei der enzymatischen Spaltung mit einem Restriktionsenzym DNA-Fragmente unterschiedlicher Länge hervorbringt. Auf diese Weise können Polymorphismen in der DNA festgestellt werden.

Eine Analyse der Länge der beiden Mikrosatelliten an einem bestimmten Ort (Locus) im Genom erfolgt durch die PCR-Analyse. Dabei werden kurze synthetische Oligonukleotide (sogenannte Primer) verwendet, die komplementär zu denjenigen DNA-Sequenzen sind, die den interessierenden Mikrosatellit flankieren. Die beiden (meist unterschiedlichen) Produkte der PCR können durch Gelelektrophorese aufgetrennt und deren Länge damit bestimmt werden.

Programme zur Suche von Mikrosatelliten

Programm Algorithmus perfekte imperfekte Motivgrößen, perfekt Motivgrößen, imperfekt braucht Motivbibliothek erkennt alternative Alignierungen findet teilweise oder ganz überlappende Mikrosatelliten Besonderheiten
MISA
Phobos exakt ja ja 1 - >5000 1 - >50 nein ja ja
REPuter
SciRoKo exakt ja ja 1-6 1-6 nein ? ? interaktive Analyse der Resultate
Sputnik exakt ja ja 1-5 1-5 nein nein nein
Tandem Repeats Finder probabilistisch ja ja 1-2000 1-2000 nein ja ja
Troll exakt ja nein 1-6 - ja nein ?

Siehe auch

Einzelnachweise

  1. ↑ John M. Butler: Forensic DNA Typing. Academic Press, 2005, ISBN 978-0-080-47061-0, S. 85.
  2. ↑ a b John M. Butler: Fundamentals of Forensic DNA Typing. Academic Press, 2009, ISBN 978-0-080-96176-7, S. 148.
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