Idi na sadržaj

ZMYND8

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
ZMYND8
Dostupne strukture
PDBPretraga Human UniProta: PDBe RCSB
Spisak PDB ID kodova

4COS

Identifikatori
AliasiZMYND8
Vanjski ID-jeviOMIM: 615713 MGI: 1918025 HomoloGene: 32679 GeneCards: ZMYND8
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 20 (čovjek)
Hrom.Hromosom 20 (čovjek)[1]
Hromosom 20 (čovjek)
Genomska lokacija za ZMYND8
Genomska lokacija za ZMYND8
Bend20q13.12Početak47,209,214 bp[1]
Kraj47,356,889 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 2 (miš)
Hrom.Hromosom 2 (miš)[2]
Hromosom 2 (miš)
Genomska lokacija za ZMYND8
Genomska lokacija za ZMYND8
Bend2|2 H3Početak165,626,072 bp[2]
Kraj165,740,936 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije




Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija GO:0001106 transcription corepressor activity
RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding
chromatin binding
GO:0001104 transcription coregulator activity
GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine
vezivanje iona metala
methylated histone binding
lysine-acetylated histone binding
protein N-terminus binding
vezivanje iona cinka
protein domain specific binding
Ćelijska komponenta citoplazma
dendritic shaft
dendritična kičma
jedro
Biološki proces regulation of postsynaptic density protein 95 clustering
positive regulation of filopodium assembly
positive regulation of dendritic spine development
positive regulation of dendritic spine maintenance
modulation of excitatory postsynaptic potential
transcription, DNA-templated
GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated
negative regulation of cell migration
negative regulation of nucleic acid-templated transcription
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)
NM_001281769
NM_001281771
NM_001281772
NM_001281773
NM_001281774

NM_001281775
NM_001281776
NM_001281777
NM_001281778
NM_001281779
NM_001281780
NM_001281781
NM_001281782
NM_001281783
NM_001281784
NM_012408
NM_183047
NM_183048
NM_001363714
NM_001363741

NM_001252584
NM_001252585
NM_001252587
NM_001281926
NM_001291158

NM_027230
NM_172270
NM_001363018
NM_001363019
NM_001363020
NM_001363021

RefSeq (bjelančevina)
NP_001268698
NP_001268700
NP_001268701
NP_001268702
NP_001268703

NP_001268704
NP_001268705
NP_001268706
NP_001268707
NP_001268708
NP_001268709
NP_001268710
NP_001268711
NP_001268712
NP_001268713
NP_036540
NP_898868
NP_898869
NP_001350643
NP_001350670

n/a

Lokacija (UCSC)Chr 20: 47.21 – 47.36 MbChr 2: 165.63 – 165.74 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Protein-kinazni C-vezujuči protein 1 je enzim koji je kod ljudi kodiran genom ZMYND8.[5]

Protein koji je kodiran ovim genom je receptor za aktivirani protein C-kinaze (RACK). Dokazano je da se kodirani protein in vitro veže na aktiviranu protein kinazu C beta I. Pored toga, ovaj protein je antigen povezan s kožnim limfomom T-ćelija. Napokon, protein sadrži bromodomen i dva cinkova prsta, a smatra se da je regulator transkripcije. Za ovaj gen pronađeno je više varijanti transkripta koji kodiraju nekoliko različitih izoformi.[5]

Kloniranje i ekspresija

[uredi | uredi izvor]

Upotreba monoklonskog antitijela usmjerenog protiv RACK1 (GNB2L1; 176981) za scrining biblioteke ljudske hipokampusne cDNK, praćeno EST pomjeranjem sa pet primjeraka i RACE u pet glavnih grupa, Fossey et al. (2000) klonirali su ZMYND8, koji su nazvali PRKCBP1. Izvedeni protein s 615 aminokiselina ima N-terminalni osnovni domen konzerviran u proteinima neurofilamenta i citoskeleta, navodni motiv C4 cinkovog prsta i C-terminalnu sekvencu WD40. Northern blot analizom otkriven je transkript od 3.1 kb u svim ispitivanim ljudskim tkivima, s najvećom ekspresijom u mozgu, plućima, pankreasu i posteljici. Analiza baze podataka RT-PCR i EST predložila je sveprisutnu ekspresiju ZMYND8.[6]

Funkcija gena

[uredi | uredi izvor]

Koristeći imunoprecipitaciju i testove pada proteina, Fossey et al. (2000) pokazali su da je C-terminalni WD40 domen PRKCBP1 specifično u interakciji s PKC-beta-1 (PRKCB1; 176970). FHOD1 (606881) regulira transkripciju gena, strukturu aktin-citoskeleta i migraciju ćelija. Koristeći 2-hibridni zaslon kvasca s bibliotekom ekspresije cDNK ljudske koštane srži, Westendorf i Koka (2004) otkrili su da je FHOD1 u interakciji sa središnjim dijelom PRKCBP1, kao i sa ciklofilinom B (PPIB; 123841) i izoformom B WISH (NCKIPSD; 606671).

Utvrđivanjem hromatinskog okruženja genomskih lokacija vezanih za RACK7 u ćelijama ljudskogog raka dojke, Shen et al. (2016) otkrili su da su RACK7 i KDM5C (314690) zauzeli mnoga aktivna mjesta za poboljšanje, uključujući gotovo sve super-pojačivače. Gubitak RACK7 ili KDM5C rezultirao je preaktivacijom pojačivača, koje karakterizira taloženje histone H3 (vidi 602810) trimetilacije lys4 (H3K4me3) i acetilacije H3K27 (H3K27Ac) i gubitka H3K4me1, kao i povećana transkripcija pojačivača RNK i obližnjih gena. Gubitak RACK7 značajno je oslabio uključivanje KDM5C za pojačivače. Ljudske ćelije karcinoma dojke kojima nedostaje RACK7 ili KDM5C pokazale su poboljšani rast, migraciju i invaziju, neovisno o sidrenju in vitro, kao i pojačani rast tumora u modelu ksentransplanta na mišu. Shen et al. (2016) zaključili su da aktivni pojačivači podliježu negativnoj regulaciji i da RACK7 i KDM5C djeluju zajedno kao 'kočnica' za aktivne pojačivaće kontrolirajući dinamičku izmjenu između H3K4me1 i H3K4me3.[7][8][9]

Aminokiselinska sekvenca

[uredi | uredi izvor]
Simboli
1020304050
MDISTRSKDPGSAERTAQKRKFPSPPHSSNGHSPQDTSTSPIKKKKKPGL
LNSNNKEQSELRHGPFYYMKQPLTTDPVDVVPQDGRNDFYCWVCHREGQV
LCCELCPRVYHAKCLRLTSEPEGDWFCPECEKITVAECIETQSKAMTMLT
IEQLSYLLKFAIQKMKQPGTDAFQKPVPLEQHPDYAEYIFHPMDLCTLEK
NAKKKMYGCTEAFLADAKWILHNCIIYNGGNHKLTQIAKVVIKICEHEMN
EIEVCPECYLAACQKRDNWFCEPCSNPHPLVWAKLKGFPFWPAKALRDKD
GQVDARFFGQHDRAWVPINNCYLMSKEIPFSVKKTKSIFNSAMQEMEVYV
ENIRRKFGVFNYSPFRTPYTPNSQYQMLLDPTNPSAGTAKIDKQEKVKLN
FDMTASPKILMSKPVLSGGTGRRISLSDMPRSPMSTNSSVHTGSDVEQDA
EKKATSSHFSASEESMDFLDKSTASPASTKTGQAGSLSGSPKPFSPQLSA
PITTKTDKTSTTGSILNLNLDRSKAEMDLKELSESVQQQSTPVPLISPKR
QIRSRFQLNLDKTIESCKAQLGINEISEDVYTAVEHSDSEDSEKSDSSDS
EYISDDEQKSKNEPEDTEDKEGCQMDKEPSAVKKKPKPTNPVEIKEELKS
TSPASEKADPGAVKDKASPEPEKDFSEKAKPSPHPIKDKLKGKDETDSPT
VHLGLDSDSESELVIDLGEDHSGREGRKNKKEPKEPSPKQDVVGKTPPST
TVGSHSPPETPVLTRSSAQTSAAGATATTSTSSTVTVTAPAPAATGSPVK
KQRPLLPKETAPAVQRVVWNSSSKFQTSSQKWHMQKMQRQQQQQQQQNQQ
QQPQSSQGTRYQTRQAVKAVQQKEITQSPSTSTITLVTSTQSSPLVTSSG
SMSTLVSSVNADLPIATASADVAADIAKYTSKMMDAIKGTMTEIYNDLSK
NTTGSTIAEIRRLRIEIEKLQWLHQQELSEMKHNLELTMAEMRQSLEQER
DRLIAEVKKQLELEKQQAVDETKKKQWCANCKKEAIFYCCWNTSYCDYPC
QQAHWPEHMKSCTQSATAPQQEADAEVNTETLNKSSQGSSSSTQSAPSET
ASASKEKETSAEKSKESGSTLDLSGSRETPSSILLGSNQGSDHSRSNKSS
WSSSDEKRGSTRSDHNTSTSTKSLLPKESRLDTFWD

Model organizmi

[uredi | uredi izvor]
Fenotip Zmynd8 nokaut miša
Svojstvo Fenotip
Vijabilmost homozigota Nenormalna
Studija letalne recesivnosti Nenormalna
Tjelesna težina Normalna
Anksioznost u test otvorenog polja Normalna
Neurološka procjena Normalna
Snaga stiska Normalna
Vruća ploča test Normalan
Dismorfologija Normalna
Indirektna kalorimetrija Normalna
Test tolerancije glukoze Normalan
Slušni odgovor moždanog stabla Normalan
DEXA Normalna
Radiografija Normalna
Tjelesna temperatura Normalna
Morfologija oka Normalna
Klinička hemija Normalna
Hematologija Normalna
Limfociti periferne krvi Normalni
Mikronukleus test Normalan
Težina srca Normalna
Histopatologija kože Normalna
Svi podaci nsu prema linku[10][11]

U studiji funkcije gena ZMYND8 upotrebljavani su i modelni organizmi. Linija uvjetnog nokaut miša, zvanog Zmynd8tm1a(EUCOMM)Wtsi[12][13] generiran je kao dio programa Međunarodnog konzorcija za miševe – visokopropusnog projekta mutageneze za generisanje i distribuciju životinjskih modela bolesti zainteresiranim naučnicima.[14][15][16]

Muške i ženske životinje prolazile su standardizirani fenotipski pregled, kako bi se utvrdili efekti delecije.[10][17] Izvršen je dvadeset jedan test na mutantnim miševima i uočene su dvije značajne abnormalnosti.[10] Nekoliko homozigotnih mutanata embriona je identifikovano tokom gestacije, a nijedan nije preživio do odvikavanja. Preostali testovi izvedeni su na heterozigotnim mutiranim odraslim miševima; kod ovih životinja nisu opažene nikakve dodatne značajne abnormalnosti.[10]

Reference

[uredi | uredi izvor]
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000101040 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000039671 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ a b "Entrez Gene: ZMYND8 zinc finger, MYND-type containing 8".
  6. ^ Fossey, S. C., Kuroda, S., Price, J. A., Pendleton, J. K., Freedman, B. I., Bowden, D. W. Identification and characterization of PRKCBP1, a candidate RACK-like protein. Mammalian Genome 11: 919-925, 2000. [PubMed]: 11003709
  7. ^ Gross, M. B. Personal Communication. Baltimore, Md. 3/28/2014.
  8. ^ Shen, H., Xu, W., Guo, R., Rong, B., Gu, L., Wang, Z., He, C., Zheng, L., Hu, X., Hu, Z., Shao, Z.-M., Yang, P., Wu, F., Shi, Y. G., Shi, Y., Lan, F. Suppression of enhancer overactivation by a RACK7-histone demethylase complex. Cell 165: 331-342, 2016. [PubMed]: 27058665
  9. ^ Westendorf, J. J., Koka, S. Identification of FHOD1-binding proteins and mechanisms of FHOD1-regulated actin dynamics. J. Cell. Biochem. 92: 29-41, 2004. [PubMed[: 15095401
  10. ^ a b c d Gerdin AK (2010). "The Sanger Mouse Genetics Programme: High throughput characterisation of knockout mice". Acta Ophthalmologica. 88: 925–7. doi:10.1111/j.1755-3768.2010.4142.x. S2CID 85911512.
  11. ^ Mouse Resources Portal, Wellcome Trust Sanger Institute.
  12. ^ "International Knockout Mouse Consortium".[mrtav link]
  13. ^ "Mouse Genome Informatics".
  14. ^ Skarnes, W. C.; Rosen, B.; West, A. P.; Koutsourakis, M.; Bushell, W.; Iyer, V.; Mujica, A. O.; Thomas, M.; Harrow, J.; Cox, T.; Jackson, D.; Severin, J.; Biggs, P.; Fu, J.; Nefedov, M.; De Jong, P. J.; Stewart, A. F.; Bradley, A. (2011). "A conditional knockout resource for the genome-wide study of mouse gene function". Nature. 474 (7351): 337–342. doi:10.1038/nature10163. PMC 3572410. PMID 21677750.
  15. ^ Dolgin E (2011). "Mouse library set to be knockout". Nature. 474 (7351): 262–3. doi:10.1038/474262a. PMID 21677718.
  16. ^ Collins FS, Rossant J, Wurst W (2007). "A Mouse for All Reasons". Cell. 128 (1): 9–13. doi:10.1016/j.cell.2006.12.018. PMID 17218247. S2CID 18872015.
  17. ^ van der Weyden L, White JK, Adams DJ, Logan DW (2011). "The mouse genetics toolkit: revealing function and mechanism". Genome Biol. 12 (6): 224. doi:10.1186/gb-2011-12-6-224. PMC 3218837. PMID 21722353.

Dopunska literatura

[uredi | uredi izvor]