Idi na sadržaj

NLRC4

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
NLRC4
Dostupne strukture
PDBPretraga ortologa: PDBe RCSB
Spisak PDB ID kodova

4KXF

Identifikatori
AliasiNLRC4
Vanjski ID-jeviOMIM: 606831 MGI: 3036243 HomoloGene: 10924 GeneCards: NLRC4
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 2 (čovjek)
Hrom.Hromosom 2 (čovjek)[1]
Hromosom 2 (čovjek)
Genomska lokacija za NLRC4
Genomska lokacija za NLRC4
Bend2p22.3Početak32,224,453 bp[1]
Kraj32,265,732 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 17 (miš)
Hrom.Hromosom 17 (miš)[2]
Hromosom 17 (miš)
Genomska lokacija za NLRC4
Genomska lokacija za NLRC4
Bend17|17 E2Početak74,732,433 bp[2]
Kraj74,766,137 bp[2]
Ontologija gena
Molekularna funkcija nucleotide binding
protein homodimerization activity
GO:0050372 aktivnost sa transferazom ubikvitina
GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine
ATP binding
magnesium ion binding
cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process
vezivanje identičnih proteina
Ćelijska komponenta citoplazma
citosol
intracellular anatomical structure
IPAF inflammasome complex
jedro
Biološki proces Piroptoza
inhibition of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process
immune system process
regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process
mitotic spindle assembly
regulation of signal transduction
defense response to bacterium
positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity
detection of bacterium
activation of innate immune response
positive regulation of apoptotic process
inflammatory response
protein homooligomerization
activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process
GO:0097285 apoptoza
protein ubiquitination
regulation of apoptotic process
Urođeni imunski sistem
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_001199138
NM_001199139
NM_001302504
NM_021209

NM_001033367

RefSeq (bjelančevina)

NP_001186067
NP_001186068
NP_001289433
NP_067032

NP_001028539

Lokacija (UCSC)Chr 2: 32.22 – 32.27 MbChr 17: 74.73 – 74.77 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

NLR porodice CARD sa proteinskim domenom 4 jest protein koji je kod ljudi kodiran genom NLRC4 sa hromosoma 2.[5][6]

Aminokiselinska sekvenca

[uredi | uredi izvor]

Dužina polipeptidnog lanca je 1.024 aminokiseline, a molekulska težina 116.159 Da.[6]

1020304050
MNFIKDNSRALIQRMGMTVIKQITDDLFVWNVLNREEVNIICCEKVEQDA
ARGIIHMILKKGSESCNLFLKSLKEWNYPLFQDLNGQSLFHQTSEGDLDD
LAQDLKDLYHTPSFLNFYPLGEDIDIIFNLKSTFTEPVLWRKDQHHHRVE
QLTLNGLLQALQSPCIIEGESGKGKSTLLQRIAMLWGSGKCKALTKFKFV
FFLRLSRAQGGLFETLCDQLLDIPGTIRKQTFMAMLLKLRQRVLFLLDGY
NEFKPQNCPEIEALIKENHRFKNMVIVTTTTECLRHIRQFGALTAEVGDM
TEDSAQALIREVLIKELAEGLLLQIQKSRCLRNLMKTPLFVVITCAIQMG
ESEFHSHTQTTLFHTFYDLLIQKNKHKHKGVAASDFIRSLDHCGDLALEG
VFSHKFDFELQDVSSVNEDVLLTTGLLCKYTAQRFKPKYKFFHKSFQEYT
AGRRLSSLLTSHEPEEVTKGNGYLQKMVSISDITSTYSSLLRYTCGSSVE
ATRAVMKHLAAVYQHGCLLGLSIAKRPLWRQESLQSVKNTTEQEILKAIN
INSFVECGIHLYQESTSKSALSQEFEAFFQGKSLYINSGNIPDYLFDFFE
HLPNCASALDFIKLDFYGGAMASWEKAAEDTGGIHMEEAPETYIPSRAVS
LFFNWKQEFRTLEVTLRDFSKLNKQDIRYLGKIFSSATSLRLQIKRCAGV
AGSLSLVLSTCKNIYSLMVEASPLTIEDERHITSVTNLKTLSIHDLQNQR
LPGGLTDSLGNLKNLTKLIMDNIKMNEEDAIKLAEGLKNLKKMCLFHLTH
LSDIGEGMDYIVKSLSSEPCDLEEIQLVSCCLSANAVKILAQNLHNLVKL
SILDLSENYLEKDGNEALHELIDRMNVLEQLTALMLPWGCDVQGSLSSLL
KHLEEVPQLVKLGLKNWRLTDTEIRILGAFFGKNPLKNFQQLNLAGNRVS
SDGWLAFMGVFENLKQLVFFDFSTKEFLPDPALVRKLSQVLSKLTFLQEA
RLVGWQFDDDDLSVITGAFKLVTA

Struktura

[uredi | uredi izvor]

Protein NLRC4 je visoko konzeran među vrstama sisara. Ima homologiju sa Ced4 proteinom C. elegans. Sadrži N-terminalni CARD domen, centralni nukleotidni vezujući domen/NACHT domen i C-terminalno [[leuxcin-bogatoponavljanje bogato ponavljanje (LRR ) domena. Pripada porodici NLR proteina koja uključuje koaktivator transkripcije CIITA i kanonski inflamasomski protein NLRP3. Skraćeni mišji NLRC4 bio je prvi član ove porodice čija je kristalna struktura riješena.[7]

Funkcija

[uredi | uredi izvor]

NLRC4 je najbolje povezan sa pokretanjem formiranja inflamasoma. Za razliku od NLRP3, određene funkcije NLRC4 zavisne od inflamasoma mogu se obavljati nezavisno od skele inflamasoma ASC. Ljudski Ced4 homolozi uključuju APAF1, NOD1 (CARD4) i NOD2 (CARD15). Ovi proteini imaju najmanje 1 N-terminalni CARD domen, praćen centralno lociranim domenom za vezivanje nukleotida (NBD ili NACHT) i C-terminalnim regulatornim domenom, koji se nalazi samo kod sisara, a sadrži ili WD40 ponavljanje ili ponavljanja bogata leucinom (LRR-ove). CARD12 je član porodice Ced4 i može izazvati apoptozu.[6]

Interakcije

[uredi | uredi izvor]

Pokazalo se da NLRC4 reaguje sa NAIP-om (postoji jedan ljudski NAIP, ali miševi eksprimiraju najmanje 4 različita NAIP proteina). Interakcija NAIP/NLRC4 može odrediti specifičnost liganda.[8] Aktivnost inflamasoma ovisna o NLRC4 aktivira CASP1.[9] Pod određenim okolnostima, NLRC4 i NLRP3 mogu zauzeti isti kompleks inflamasoma.[10]

Klinički značaj

[uredi | uredi izvor]

Ljudi koji imaju aktivirajuće mutacije u NLRC4 mogu razviti autoupalni sindrom karakteriziran akutnom temperaturom, hepatitisom, vrlo visokim serumskim feritinom i drugim karakteristikama koje upućuju na Sindrom aktivacije makrofaga (MAS) . Neki pacijenti su također razvili potencijalno po život opasan enterokolitis koji je nestajao u ranom djetinjstvu.[11][12] Kod ovih pacijenata, pronađeno je hronično i izvanredno povišenje serumskog IL-18, za razliku od pacijenata sa mutacijama NLRP3 koji razvijaju kriopirinu pridruženie periodične sindrome.[11] Velika japanska porodica imala je mnogo blažu bolest povezanu sa urtikarijom izazvanom hladnoćom koju je uzrokovala dominantno naslijeđena mutacija NLRC4.[13]

Reference

[uredi | uredi izvor]
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000091106 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000039193 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ Geddes BJ, Wang L, Huang WJ, Lavellee M, Manji GA, Brown M, Jurman M, Cao J, Morgenstern J, Merriam S, Glucksmann MA, DiStefano PS, Bertin J (Jun 2001). "Human CARD12 is a novel CED4/Apaf-1 family member that induces apoptosis". Biochemical and Biophysical Research Communications. 284 (1): 77–82. doi:10.1006/bbrc.2001.4928. PMID 11374873.
  6. ^ a b c "Entrez Gene: NLRC4 NLR family, CARD domain containing 4".
  7. ^ Hu Z, Yan C, Liu P, Huang Z, Ma R, Zhang C, Wang R, Zhang Y, Martinon F, Miao D, Deng H, Wang J, Chang J, Chai J (Jul 2013). "Crystal structure of NLRC4 reveals its autoinhibition mechanism". Science. 341 (6142): 172–5. Bibcode:2013Sci...341..172H. doi:10.1126/science.1236381. PMID 23765277. S2CID 12360722.
  8. ^ Kofoed EM, Vance RE (Sep 2011). "Innate immune recognition of bacterial ligands by NAIPs determines inflammasome specificity". Nature. 477 (7366): 592–5. Bibcode:2011Natur.477..592K. doi:10.1038/nature10394. PMC 3184209. PMID 21874021.
  9. ^ Damiano JS, Oliveira V, Welsh K, Reed JC (Jul 2004). "Heterotypic interactions among NACHT domains: implications for regulation of innate immune responses". The Biochemical Journal. 381 (Pt 1): 213–9. doi:10.1042/BJ20031506. PMC 1133779. PMID 15107016.
  10. ^ Man SM, Hopkins LJ, Nugent E, Cox S, Glück IM, Tourlomousis P, Wright JA, Cicuta P, Monie TP, Bryant CE (maj 2014). "Inflammasome activation causes dual recruitment of NLRC4 and NLRP3 to the same macromolecular complex" (PDF). Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 111 (20): 7403–8. Bibcode:2014PNAS..111.7403M. doi:10.1073/pnas.1402911111. PMC 4034195. PMID 24803432.[mrtav link]
  11. ^ a b Canna SW, de Jesus AA, Gouni S, Brooks SR, Marrero B, Liu Y, DiMattia MA, Zaal KJ, Sanchez GA, Kim H, Chapelle D, Plass N, Huang Y, Villarino AV, Biancotto A, Fleisher TA, Duncan JA, O'Shea JJ, Benseler S, Grom A, Deng Z, Laxer RM, Goldbach-Mansky R (Oct 2014). "An activating NLRC4 inflammasome mutation causes autoinflammation with recurrent macrophage activation syndrome". Nature Genetics. 46 (10): 1140–6. doi:10.1038/ng.3089. PMC 4177369. PMID 25217959.
  12. ^ Romberg N, Al Moussawi K, Nelson-Williams C, Stiegler AL, Loring E, Choi M, Overton J, Meffre E, Khokha MK, Huttner AJ, West B, Podoltsev NA, Boggon TJ, Kazmierczak BI, Lifton RP (Oct 2014). "Mutation of NLRC4 causes a syndrome of enterocolitis and autoinflammation". Nature Genetics. 46 (10): 1135–9. doi:10.1038/ng.3066. PMC 4177367. PMID 25217960.
  13. ^ Kitamura A, Sasaki Y, Abe T, Kano H, Yasutomo K (Nov 2014). "An inherited mutation in NLRC4 causes autoinflammation in human and mice". The Journal of Experimental Medicine. 211 (12): 2385–96. doi:10.1084/jem.20141091. PMC 4235634. PMID 25385754.

Dopunska literatura

[uredi | uredi izvor]

Šablon:NOD-liki receptori