Wikipedia

Institut Wellcome Sanger

(Preusmjereno sa Institut Wellcome Trust Sanger)

Institut Wellcome Sanger, prethodni naziv The Sanger Centre i Wellcome Trust Sanger Institute, je neprofitna britanska istraživačka institucija u oblasti genomike i genetike , koja se prvenstveno finansira iz fondacije Wellcome Trust.[1]

INSTITUT WELLCOME SANGER
ranije The Sanger Centre i Wellcome Trust Sanger Institute
Logo Instituta
SkraćenicaWSI
Datum osnivanja1992.
VrstaGenomsaka istraživanja, kreator i domaćin više baza podataka
StatusAktivna
CiljGenomska i genetička istraživanja
Glavno sjedišteHinxton, Cambridgeshire, Ujedinjrno Kraljevstvo, Wellcome Genome Campus, Evropski institut za bioinformatiku
52°05′N 0°11′E / 52.083°N 0.183°E / 52.083; 0.183
ČlanstvoMultinacionalno
JezikEngleski
Br. zaposlenih~900, 32 fakulteta
Br. volonteraNeograničen
Veb-sajtsanger.ac.uk

Nalazi se u Wellcome Genome Campusu u selu Hinxton, izvan Cambridgea. Dijeli ovu lokaciju sa Evropskim institutom za bioinformatiku. Osnovan je 1992. godine i imenovan po dvojniku nobelovca Fredericka Sangera.[2][3] Zamišljen je kao veliki centar za sekvenciranje DNK i učešće u Projektu ljudskog genoma, a dao je najveći pojedinačni doprinos zlatnoj standardnoj sekvenci ljudskog genoma. Institut je od svog osnivanja uspostavio i održavao politiku razmjena podataka, a veliki dio svog istraživanja provodi u saradnji.

Od 2000. godine Institut je proširio svoju misiju na razumijevanje „uloge genetike u zdravlju i bolestima ".[4] Sada zapošljava oko 900 ljudi[5] i fokusitran je na pet glavnih područja istraživanja:

Objekti i resursi

uredi

Kampus

uredi
 
Kamus Wellcome Genome
 
Komemorativni obojeni prozor koji se nalazi u Sulstonovoj zgradi Instituta Wellcome Sanger, u znak obilježavanja otvaranja Genomskog kampusa

U 1993.,tada 17 zaposlenika Sanger centra preselilo se u privremeni laboratorijski prostor u Hinxton Hallu u Cambridgeireu.[6] Ova lokacija od 55-acre (220,000 m2) trebala je postati Wellcome Genome Campus, sa sve većom populacijom od oko 1.300 zaposlenih, od kojih približno 900 radi na Institutu Sanger.[7] Genome Campus također uključuje konferencijski centar Wellcome Trust [8] i Evropski institut za bioinformatiku. Veliko proširenje kampusa službeno je otvoreno 2005;[9] u zgrade uselile su nove laboratorije <Centar baze podataka i eminentno osoblje.[10] U diskusiji o imenu centra, Sanger (još živ kada je centar otvoren) rekao je Johnu Sulstonu, direktoru osnivača, da je "bolje da centar bude dobar". Sulston je komentirao: "Volio bih da nisam pitao."[11]

Sekvenciranje

uredi

Osoblje za sekvenciranje Instituta Sanger rukuje milionima uzoraka DNK svake sedmice. Institut "kapitalizira vrhunske tehnologije kako bi odgovorio na pitanja na koja nije bilo odgovora rije samo nekoliko godina".[12] Napredak tehnologije omogućava Institutu Sanger da izvrši sekvenciranje genoma pojedinačnih ljudi, kičmenjačkih vrsta i patogena, sve bržim tempom i smanjenjem troškova. Institut ima više od 100 projekata u sekvenciranju patogena.[13] Ishod Instituta Sanger iznosi oko 10 milijardi baza sirovih podataka o sekvencama dnevno.[14]

Naučni resursi

uredi
2015.

Bioinformatički Izvori baza podataka jedan su od rezultata istraživačkih programa u kojima je uključen Institut Sanger. Oni čiji je domaćin Institut Sanger uključuju:

Nekoliko baza podataka pokrenuto je na Institutu Sanger, ali su sada smještene na drugom mjestu:

Saradnja

uredi

Veliki dio istraživanja Instituta Sanger provodi se u partnerstvu sa širom naučnom zajednicom; više od 90 posto istraživačkih radova instituta uključuje saradnju sa drugim organizacijama. [25] Značajne saradnje uključuju:

Projekt ljudskog genoma

uredi

Institut Sanger otvoren je 1993., tri godine nakon početka rada Projekta ljudskog genoma, i dao je najveći pojedinačni doprinos zlatnoj standardnoj sekvenci ljudskog genoma, objavljenoj 2004. godine.[30] Institut je sarađivao na sekvenci osam od 23 para ljudskih hromosoma: 1, 6, 9, 10, 13, 20, 22 i X).[31] Od objavljivanja ljudskog genoma, istraživanja provedena na Institutu razvila su se dalje od sekvenciranja organizama u različita područja biomedicinskih nauka, uključujući studije o bolestima poput raka, malarije i dijabetesa.

References

uredi
  1. ^ "MRC Centre United Kingdom: Wellcome Trust Sanger Institute". Medical Research Council (UK). Arhivirano s originala, 21. 5. 2012. Pristupljeno 2008-12-22.
  2. ^ Walker, John (2014). "Frederick Sanger". Nature. 505 (7481): 27. Bibcode:2014Natur.505...27W. doi:10.1038/505027a. PMID 24380948.
  3. ^ Sanger, F. (1988). "Sequences, Sequences, and Sequences". Annual Review of Biochemistry. 57: 1–29. doi:10.1146/annurev.bi.57.070188.000245. PMID 2460023.
  4. ^ "Wellcome Sanger Institute - About us". Wellcome Sanger Institute. Pristupljeno 2010-06-28.
  5. ^ www-core (webteam). "Our People". www.sanger.ac.uk (jezik: engleski). Pristupljeno 2020-04-21.
  6. ^ "Wellcome Trust Sanger Institute - History". Wellcome Sanger Institute. Arhivirano s originala, 7. 7. 2010. Pristupljeno 2010-06-28.
  7. ^ "Wellcome Sanger Institute - Work and study". Wellcome Sanger Institute. Pristupljeno 2010-06-28.
  8. ^ "Welcome to the Wellcome Genome Campus Conference Centre". Wellcome Genome Campus Conference Centre. Pristupljeno 30 March 2018.
  9. ^ "Wellcome Trust Genome Campus Extension Opened: Visit by Her Royal Highness, The Princess Royal". Wellcome Sanger Institute. Arhivirano s originala, 11. 5. 2008. Pristupljeno 2009-01-07.
  10. ^ Doctorow, C. (2008). "Big data: Welcome to the petacentre". Nature. 455 (7209): 16–21. doi:10.1038/455016a. PMID 18769411.
  11. ^ Sulston, John. "Interview with John Sulston". Cold Spring Harbor Laboratories digital archive. Pristupljeno 13 November 2015.
  12. ^ "Wellcome Sanger Institute - Sequencing". Wellcome Sanger Institute. Arhivirano s originala, 7. 7. 2010. Pristupljeno 2010-06-28.
  13. ^ "Wellcome Sanger Institute - Pathogen genomics". Wellcome Sanger Institute. Arhivirano s originala, 21. 10. 2015. Pristupljeno 2010-06-28.
  14. ^ Jones, I. "Feature: Highly cited". Wellcome Trust. Arhivirano s originala, 10. 10. 2010. Pristupljeno 2009-01-22.
  15. ^ Forbes, S. A.; Beare, D; Gunasekaran, P; Leung, K; Bindal, N; Boutselakis, H; Ding, M; Bamford, S; Cole, C; Ward, S; Kok, C. Y.; Jia, M; De, T; Teague, J. W.; Stratton, M. R.; McDermott, U; Campbell, P. J. (2015). "COSMIC: Exploring the world's knowledge of somatic mutations in human cancer". Nucleic Acids Research. 43 (Database issue): D805–11. doi:10.1093/nar/gku1075. PMC 4383913. PMID 25355519.  
  16. ^ Bragin, E; Chatzimichali, E. A.; Wright, C. F.; Hurles, M. E.; Firth, H. V.; Bevan, A. P.; Swaminathan, G. J. (2014). "DECIPHER: Database for the interpretation of phenotype-linked plausibly pathogenic sequence and copy-number variation". Nucleic Acids Research. 42 (Database issue): D993–D1000. doi:10.1093/nar/gkt937. PMC 3965078. PMID 24150940.
  17. ^ Cunningham, F; Amode, M. R.; Barrell, D; Beal, K; Billis, K; Brent, S; Carvalho-Silva, D; Clapham, P; Coates, G; Fitzgerald, S; Gil, L; Girón, C. G.; Gordon, L; Hourlier, T; Hunt, S. E.; Janacek, S. H.; Johnson, N; Juettemann, T; Kähäri, A. K.; Keenan, S; Martin, F. J.; Maurel, T; McLaren, W; Murphy, D. N.; Nag, R; Overduin, B; Parker, A; Patricio, M; Perry, E; et al. (2015). "Ensembl 2015". Nucleic Acids Research. 43 (Database issue): D662–9. doi:10.1093/nar/gku1010. PMC 4383879. PMID 25352552.
  18. ^ Logan-Klumpler, F. J.; De Silva, N; Boehme, U; Rogers, M. B.; Velarde, G; McQuillan, J. A.; Carver, T; Aslett, M; Olsen, C; Subramanian, S; Phan, I; Farris, C; Mitra, S; Ramasamy, G; Wang, H; Tivey, A; Jackson, A; Houston, R; Parkhill, J; Holden, M; Harb, O. S.; Brunk, B. P.; Myler, P. J.; Roos, D; Carrington, M; Smith, D. F.; Hertz-Fowler, C; Berriman, M (2012). "GeneDB--an annotation database for pathogens". Nucleic Acids Research. 40 (Database issue): D98–108. doi:10.1093/nar/gkr1032. PMC 3245030. PMID 22116062.
  19. ^ Wilming, L. G.; Gilbert, J. G.; Howe, K; Trevanion, S; Hubbard, T; Harrow, J. L. (2008). "The vertebrate genome annotation (Vega) database". Nucleic Acids Research. 36 (Database issue): D753–60. doi:10.1093/nar/gkm987. PMC 2238886. PMID 18003653.
  20. ^ Rawlings, N. D.; Waller, M; Barrett, A. J.; Bateman, A (2014). "MEROPS: The database of proteolytic enzymes, their substrates and inhibitors". Nucleic Acids Research. 42 (Database issue): D503–9. doi:10.1093/nar/gkt953. PMC 3964991. PMID 24157837.
  21. ^ Finn, R. D.; Bateman; Clements, J; Coggill, P; Eberhardt, R. Y.; Eddy, S. R.; Heger, A; Hetherington, K; Holm, L; Mistry, J; Sonnhammer, E. L.; Tate, J; Punta, M (2014). "Pfam: The protein families database". Nucleic Acids Research. 42 (Database issue): D222–30. doi:10.1093/nar/gkt1223. PMC 3965110. PMID 24288371.  
  22. ^ Nawrocki, E. P.; Burge, S. W.; Bateman, A; Daub, J; Eberhardt, R. Y.; Eddy, S. R.; Floden, E. W.; Gardner, P. P.; Jones, T. A.; Tate, J; Finn, R. D. (2015). "Rfam 12.0: Updates to the RNA families database". Nucleic Acids Research. 43 (Database issue): D130–7. doi:10.1093/nar/gku1063. PMC 4383904. PMID 25392425.
  23. ^ Schreiber, F; Patricio, M; Muffato, M; Pignatelli, M; Bateman, A (2014). "Tree Fam v9: A new website, more species and orthology-on-the-fly". Nucleic Acids Research. 42 (Database issue): D922–5. doi:10.1093/nar/gkt1055. PMC 3965059. PMID 24194607.
  24. ^ Harris, T. W.; Baran, J; Bieri, T; Cabunoc, A; Chan, J; Chen, W. J.; Davis, P; Done, J; Grove, C; Howe, K; Kishore, R; Lee, R; Li, Y; Muller, H. M.; Nakamura, C; Ozersky, P; Paulini, M; Raciti, D; Schindelman, G; Tuli, M. A.; Van Auken, K; Wang, D; Wang, X; Williams, G; Wong, J. D.; Yook, K; Schedl, T; Hodgkin, J; Berriman, M; et al. (2014). "Worm Base 2014: New views of curated biology". Nucleic Acids Research. 42 (Database issue): D789–93. doi:10.1093/nar/gkt1063. PMC 3965043. PMID 24194605.
  25. ^ Podaci zasnovani na podacima za 2008. preuzeti sa web stranice SCOPUS -a
  26. ^ -, -; Gibbs, R. A.; Belmont, J. W.; Hardenbol, P.; Willis, T. D.; Yu, F.; Yang, H.; Ch'Ang, L. Y.; Huang, W.; Liu, B.; Shen, Y.; Tam, P. K. H.; Tsui, L. C.; Waye, M. M. Y.; Wong, J. T. F.; Zeng, C.; Zhang, Q.; Chee, M. S.; Galver, L. M.; Kruglyak, S.; Murray, S. S.; Oliphant, A. R.; Montpetit, A.; Hudson, T. J.; Chagnon, F.; Ferretti, V.; Leboeuf, M.; Phillips, M. S.; Verner, A.; et al. (2003). "The International HapMap Project" (PDF). Nature. 426 (6968): 789–796. Bibcode:2003Natur.426..789G. doi:10.1038/nature02168. hdl:2027.42/62838. PMID 14685227. S2CID 4387110.CS1 održavanje: numerička imena: authors list (link)
  27. ^ (webteam), www-core. "Programmes - Wellcome Sanger Institute". www.sanger.ac.uk. Pristupljeno 30 March 2018.
  28. ^ UK10K (the UK 10,000 Genomes Project)
  29. ^ http://www.wellcomedbt.org/Mini_symposium_final_poster_schedule.pdf
  30. ^ Human Genome Sequencing Consortium (2004). "Finishing the euchromatic sequence of the human genome". Nature. 431 (7011): 931–945. Bibcode:2004Natur.431..931H. doi:10.1038/nature03001. PMID 15496913.
  31. ^ Pennisi E (2003). "Reaching Their Goal Early, Sequencing Labs Celebrate". Science. 300 (5618): 409. doi:10.1126/science.300.5618.409. PMID 12702850. S2CID 206577479.

Vanjski linkovi

uredi


Šablon:Wellcome Trust

Preuzeto iz "https://bs.wikipedia.org/w/index.php?title=Institut_Wellcome_Sanger&oldid=3439102"