「私たちはなぜ、COVIDに対する特許フリーな抗ウイルス療法の開発を行なっているのか」 著者: Alpha Lee, John Chodera, Frank von Delft 2021年 9月27日 以下のスレッドに… https://t.co/zFtORymHtK
「私たちはなぜ、COVIDに対する特許フリーな抗ウイルス療法の開発を行なっているのか」 著者: Alpha Lee, John Chodera, Frank von Delft 2021年 9月27日 以下のスレッドに… https://t.co/zFtORymHtK
Ryzen Threadripper 3990Xで新型コロナウィルス解析の分散コンピューティングに参加するとどうなる？ 「Folding@Home」と「Rosetta@Home」でRyzen Threadripper 3990Xは使い切れるのか検証する 人類はこれまでにも多くの疾病と闘い克服してきた。今猛威を振るっている新型コロナウイルス感染症（COVID-19）もいつかは乗り越えられると皆信じて日々を過ごしている。 現時点で我々ができることは手洗い＆うがいや社会的距離の確保、そして十分な休息が第一とされているが、自分のPCを使って貢献できること（あくまで可能性だが）がある。 それはCOVID-19を引き起こすウイルス（SARS-CoV-2）の構造を徹底的に解析するというものだ。既にSARS-CoV-2のゲノムについては解析が済んでいるが、SARS-CoV-2を構成する多種多様なタンパク質
＜このプロジェクトに参加する有志は2月時点の3万台から70万台へと大幅に増加。Folding@homeは、現在、世界最大級のネットワーク型スーパーコンピュータとなっている......＞ 米スタンフォード大学を中心とする分散コンピューティングプロジェクトFolding@home（フォールディング・アット・ホーム）は、2020年3月以降、オフィスや家庭から寄付された余剰のCPUやGPUの処理能力を活用し、分子動力学シミュレーションによる新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）のタンパク質の動的構造の解析に取り組んでいる。 このプロジェクトに参加する有志は2月時点の3万台から70万台へと大幅に増加。Folding@homeは、現在、世界最大級のネットワーク型スーパーコンピュータとなっている。その演算能力は4月14日、2.4EFLOPSに達し、既存のスーパーコンピュータ上位500台を合わせた演算
HOMEInfo遅ればせながら、Folding@home のタンパク質構造解析プロジェクトに参加させていただくことにしました。 こんにちわ。せじまです。 今日はMySQLの話ではありません。 はじめに こちらのスライドなどでも触れておりますが、弊社では、一部のサービスでオンプレミス環境の物理サーバを使っています。それらは仮想化せずに、消費電力効率などを改善することで、コストの最適化を図っています。 具体的に言うと ピーク時の最大負荷を想定してベンチマークを実行し、そのときの消費電力を測定する。 ラック内にあるすべてのサーバに最大の負荷がかかった状態でも、何台かは修理交換やOSのアップデート作業などが実施可能になるよう、突入電流を想定して電源のマージンを確保する。 といった観点で、ラックごとの構成を設計しています。消費電力の試算をし、弊社のワークロードや（わたしが考える）InnoDBに最適な
以下の投稿で、個人でも可能なCOVID-19に対する研究への貢献として、Folding@homeへコンピューティングパワーを提供する方法を紹介しました。 wave.hatenablog.com 世界中から同プロジェクトへの貢献が殺到しているようで、自分のマシンのCPUやGPUに作業(WorkUnit)が割り振られずに、無駄に遊ばせてしまう状態が発生するようになっています。公式サポートフォーラムにもそれらしいトピックが3/14に投稿されており、以下の言及があります。 We've been overwhelmed with the support we're getting from new Donors. Several servers ran out of WU's overnight. The issue is being addressed as fast as the project
アプリケーションとサービス さくらのクラウドと併せて利用できる様々なアプリケーションやサービスです。
はじめに この手法はあくまでもワークアラウンドです。パッケージの依存関係を意図的に汚染している点にご注意ください。 2000年から稼働を開始したFolding@homeという名前の分散コンピューティングプロジェクトがあります。 このプロジェクトは、ある特定のタンパク質がどのような立体構造に折りたたまれるか1、という課題を解決するために全世界の余剰計算資源を使って分子動力学シミュレーションを走らせるものです。 このプロジェクトの一部には、昨今世間を悪い意味で賑わせている新型コロナウィルス（SARS-CoV-2）に対する取り組みも含まれており、2020年4月初頭においても急激に参加者が増えている現状です2。 一方で、Linux環境用のFolding@homeクライアントは、サポート終了したPython2系の依存関係を含んでおり、Ubuntu 16.04 LTS/18.04 LTS以外のUbun
TL;DR: We’re simulating the dynamics of COVID-19 proteins to hunt for new therapeutic opportunities. Scroll to the bottom of the page to see a list of ways you can help. Proteins are molecular machines that perform many functions we associate with life. They sense the environment (e.g. in taste and smell), perform work (e.g. muscle contraction and breaking down food), and play structural roles (e.
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