インフルエンザの全国レベルでの定点当たり報告数は、2008年第41週以降増加が続いており、第48週の報告数は0.83（患者発生報告数3911）となった。都道府県別では、山梨県（3.6）、島根県（3.4）、兵庫県（2.3）、大阪府（2.1）、福井県（2.1）、栃木県（1.7）、和歌山県（1.7）の順となっている。注意報レベルのみを超えている保健所地域は3箇所（千葉県1、京都府1、兵庫県1）に増加したが、警報レベルを超えた保健所地域は存在しない。 第36週以降、これまでにインフルエンザウイルスの検出はAH1（Aソ連）型27件、AH3（A香港）型60件、B型38件が報告されている。
