eldavojohn writes "Three pilot projects have been completed for the 1000 Genomes Project and as a result, the pilot data has been released. This makes the data of nearly 700 people available for analysis via FTP (Americas mirror, European mirror). Dr. Eric D. Green of the National Human Genome Research Institute said, 'The 1000 Genomes project has a simple goal: peer more deeply into the genetic v
Craig Venter is the Lady Gaga of science. Like her, he is a drama queen, an over-the-top performance artist with a genius for self-promotion. Hype is what Craig Venter does, and he does it extremely well, whether touting the decoding of his own genome several years ago or his construction of a hybrid bacterium this year. In a typical Venter touch sections of the bacterium's DNA translate into port
From sequencing the first human genome to conducting some of the earliest work in understanding the human gut microbiome, JCVI researchers are pioneers in mammalian genomics. Our work continues as we advance new methods and understanding for detecting cancers at their earliest stages, universal flu vaccines, and autoimmune diseases like multiple sclerosis. Learn More JCVI’s leadership and expertis
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2010/5/25．EST assemblerのViewerに関して追記 2010/6/9. ちょいちょい追記しています． 2010/7/26. ちょいちょい編集しました． 少し調べたのでまとめを晒してみる．比較的よく使われて沿うなソフトをまとめてみました．既に解析をガシガシやられている先人の方から，こんなソフト使ってるよーとか，そんなん使わん，とか突っ込み歓迎です．あとソフトが見つからないところが有るので，補完コメントいただけると助かります． 主に2つの用途があると思います． ゲノム配列既知の種にNGSで読んだshort readをmapping ゲノム配列未知の種からNGSで読んだshort readのESTをアセンブル (注)NGSの機材のメーカーIllumina/SOLiD/454によっても利用できるソフトウエアが変わります*1が，以下では一緒くたにして書いてあるので注意してくださ
乾燥・高温・高圧に耐える能力 カラカラに乾燥しても生き延び、高温や超高圧の極限環境に耐える不思議な生物がいる。微小動物「クマムシ」だ。日本の研究チームがゲノム（全遺伝情報）を解読し、驚異的な能力の謎の解明に乗り出した。“史上最強”の生物から、地球外生命の手掛かりも得られるかもしれない。（長内洋介） 東大大学院の国枝武和助教（極限生物学）の研究室。顕微鏡をのぞくと、半透明の体に短い脚で、もぞもぞと歩くクマムシが見えた。その様子がクマに似ていることが名前の由来だ。 体長は１ミリ足らずで、脚は８本。ムシといっても昆虫ではなく、ゆっくり歩くことを意味する「緩歩動物」という独立のグループに分類される。陸や海などに約１千種が生息し、身近な場所では道端のコケの中に潜んでいることが多い。 生物に水は不可欠だが、クマムシは乾燥しても平気だ。水分を失うと体が「たる」のような形に収縮し、「乾眠」と呼ばれる仮死状
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ぼやぼやお便りをいただきました。先日、三歳になる娘が庭で大きな石をひっくり返し「ダンゴムシがいるよかわいいねえ」と捕まえて見せてくれましたがどう見てもワラジムシです。いくらつついたところで丸まりません。嗚呼、ダンゴムシでいてくれたら。 そこで思ったのですが、ダンゴムシがクルッと丸まれるのに必要な遺伝子って何なのでしょう？とてもよく似ているのでダンゴムシ引くワラジムシをやれば丸まる遺伝子が見つかるのではないかと思うのですが。 これってNature、Scienceの種になりませんか？P.N. 便所虫便所虫さん、ありがとうございます。ダンゴムシとワラジムシのゲノムを比較してみたいですよね。あるいはcDNAのサブトラクションとか。なにか怪しげな遺伝子が見つかるかも。発生過程での遺伝子発現プロファイルまで見ないと決定的な因子はわからないかもしれないですけど。 ダンゴムシゲノムとか調べられてないのかな
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カエルの全遺伝情報（ゲノム）を、奈良先端科学技術大学院大の荻野肇特任准教授らが加わる国際チームが解読した。これまでヒトやマウス、ニワトリ、メダカなどのゲノムが解読されているが、両生類は初めて。魚類から陸上で生活する動物へと進化する道筋の解明に役立つ。また、両生類の再生能力の仕組みを明らかにすることでヒトの再生医療への応用も期待される。 チームはアフリカ産のネッタイツメガエルのＤＮＡを解析した。ゲノムはヒトの６割にあたる１７億塩基対。遺伝子は約２万個でヒトや魚類と大きな違いはなかった。しかし、遺伝子の働きを調節すると考えられている部分は、半分以上が魚類と一致しなかった。魚類との違いは遺伝子そのものではなく、遺伝子をいつどこで働かせるかの違いにあると考えられるという。 浅島誠・産業技術総合研究所フェロー（発生生物学）は「解読されたゲノムには、進化の過程を理解する上で優良な情報が含まれている
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科学先月末にオンライン版は出ていたようだが、トリュフゲノムが解読された。黒トリュフ。Perigord black truffle genome uncovers evolutionary origins and mechanisms of symbiosis : Article : Natureタイトルのペリゴールってのは、フランスの地名でフォアグラ、トリュフ、ワインが有名なんだって。 トリュフはこれまでに解析された真菌で最も大きく複雑な125Mbのゲノムである。解析の結果、そのうち58%がトランスポゾンだったんだって。うぜえ。タンパクをコードする遺伝子は7,500ほど。ファミリーになってる遺伝子は少ない。トランスポゾンばっかり飛び回ってて、遺伝子のduplicateは少ないんだな。 菌やら植物やらの性について全く無知で*1、雌雄同株の子嚢菌であるところのトリュフはさらにややこしくて（wi
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_ [genome][science] ゲノム解読ニュース取りこぼし〜ヒトゲノム編＋α 少し間が空いてしまいましたが、ゲノム解読に関するニュースその２、後半では、ヒトゲノム関連の話題を取り上げたいと思います。（＊前回のヒトゲノム関連の話題はこちら。） ちょうど、先々週のNatureにヒトゲノム解読10周年特集号として、ヒトゲノムプロジェクト発足後のデータ大爆発の経緯を示したポスターが掲載されており、センター内でも話題となりました。 ●論文：Human genome at ten: The sequence explosion Nature. 2010 Apr 1;464(7289):670-1. ●ポスター：THE SEQUENCE EXPLOSION (PDF) これ、一見すると、１枚のグラフにおさまっているようですが、2010年の地点の横に、なぜかキリンがうっすらと描かれています。登録
アイスランドの国家経済は実質破綻し、同国第2位の銀行であるランズバンキ銀行も国有化された。同銀行の子会社で経営破綻したオンライン銀行アイスセーブの預金者について、アイスランド国民については一部補償されるものの、英国とオランダからの預金（債務）約50億ドル(約4500億円)はどうするか。議会は15年の返済を保証するとしたが大統領は承認を拒否し、6日国民投票が行われた。結果は予想通り否決された。預金の保護は英国とオランダが肩代わりすることになる。アイスランドの国際的な信用は低下するだろうし、現政権の維持も難しくなるだろう。EUとしても問題にはなる。が、アイスランドの人口は32万人ほどで、人口の規模だけでいうなら中野区くらいなものである。規模的には世界経済に深刻な影響を与えようもない。アイスランドの問題で、私が気になっていたのは、ゲノム創薬の先端を走っていた同国のデコード・ジェネティックス(de
先日業界で話題になっていたニュース。 北京ゲノムセンターがGA2の5倍の解読性能を持つイルミナの新型シーケンサーを128台もまとめて導入するそうな。 BGI to Install 128 Illumina HiSeq 2000 Sequencers Over 2010 | In Sequence | Sequencing | GenomeWeb BGI Purchases 128 Illumina HiSeq™ 2000 Sequencing Systems SAN DIEGO--(EON: Enhanced Online News)--Illumina, Inc. (NASDAQ:ILMN) announced today that the BGI (formerly known as the Beijing Genomics Institute) has purchased 128 H
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